Гљиве играју важну улогу у енергетском циклусу унутар и између екосистема. Гљиве се налазе у копненом, морском и слатководном окружењу и део су разнолике заједнице „разлагача“ који разграђују мртве биљке и животиње. Поред гљивица, ова заједница укључује и бактерије, ситне бескичмењаке, попут нематода, и веће бескичмењаке, попут пужева, буба и глиста. Гљиве трансформишу органску материју у облике које могу користити други разлагачи и у храну за биљке.
Разлагање
Гљиве живе свуда где је присутна влага. Могу се наћи као једноћелијски организми, попут квасца, који су невидљиви голим оком, и као вишећелијски организми, попут гљива, који су који се састоји од нити ћелија названих „хифе“. Гљиве су толико раширене и бројне да чине велики удео биомасе у било ком тренутку екосистем. Гљивице играју веома важну улогу у процесу разградње, јер могу разбити жилаве органске материјале, попут целулозе и лигнина, који се бескичмењаци тешко сваре. Гљиве ослобађају дигестивне ензиме који се користе за метаболизацију сложених органских једињења у растворљиве хранљиве материје, као што су једноставни шећери, нитрати и фосфати. За разлику од животиња, које пробављају храну у свом телу, гљиве варе храну изван свог „тела“, а затим апсорбују хранљиве материје у своје ћелије.
Нутриент Цицлинг
Биљкама су потребне хранљиве материје за раст, али хранљиве материје су ретко доступне у земљи или води јер су затворене у нерастворним једињењима. Биљке се зато ослањају на разграђиваче како би им обезбедиле растворљиве хранљиве материје које корени могу да прихвате. На пример, азот, један од најважнијих биљних хранљивих састојака, везан је за протеине које биљке не узимају лако - иако се показало да неке биљке то чине. Гљиве метаболишу протеине и ослобађају неорганске облике азота, попут нитрата, које биљни корени лако могу да прихвате. У слатководном окружењу гљиве су кључне за пренос енергије из приобалних шума у водене екосистеме, разлажући дрво и стеље од лишћа које падају у воду. У земаљским системима, гљиве преносе енергију одозго, до испод, где се рециклира назад у биљке.
Симбиоза
Неке врсте гљива стварају симбиотски однос са биљкама. Гљиве микоризе повезане су са коренима биљака. Ова веза је обострано корисна јер гљиве олакшавају пренос хранљивих састојака из тла у коријене биљака, а заузврат из биљке добијају угљеник. Гљивице складиште гљивице у земљишту и стога се не ослобађају као угљен-диоксид. Некада се сматрало да су биљке једини извор угљеника за микоризне гљиве. Међутим, чланак објављен у мају 2008. у „Функционалној екологији“ открива да микоризне гљиве могу активно разлажу органски угљеник и стога играју већу улогу у губитку и уносу угљеника из тла него раније мислио. Лишајеви су друга врста гљивица које чине симбиотски однос, али то чине са цијанобактеријама. Лишајеви пружају склониште бактеријама које заузврат стварају енергију и угљеник за лишајеве фотосинтезом.
Извор хране
Много је животиња које се делимично или у потпуности ослањају на гљивице као извор хране. Биљоједи сисари имају тенденцију да се опортунистички напајају гљивицама и једу гљиве ако наиђу на њих док претражују шуму. Међутим, за неке животиње гљивице чине велики део њихове дијете. Примери су карибуји, који се током зиме у великој мери ослањају на лишајеве дрвећа када лисната храна није доступан, и дугонопи потороо, аустралијски сисар чија се исхрана готово у потпуности састоји од плода гљива тела. Многи бескичмењаци такође једу гљивице, и опортунистички и активно. Поточни бескичмењаци добијају додатну енергију када једу распаднуто лишће на којем расту гљивице. Банана пужеви су уобичајени у исхрани гљивама и другим гљивицама, које изгледа фаворизују у односу на другу храну.