Екосистем се састоји од свих живих организама на одређеном подручју и њихове интеракције са околином која их окружује. Екосистеми су засновани на земљи или води. Пенсилванија, географски разнолика држава, налази се у средњем делу Атлантика североисточни део Сједињених Држава и садржи четири заједничка екосистема: шуме, језера, реке и мочвара.
Шуме
Када је реч о екосистемима Пенсилваније, шуме доминирају. Према Пенн Стате-у, више од 16 милиона хектара шуме покрива 58 посто државне државе. Шуме су сложени екосистеми који подржавају разноликост биљног и животињског света. Шуме Пенсилваније пружају станишта већини дивљих животиња државе. Разнолико дрвеће, попут јавора, трешње и храста, чине шумски екосистем Пенсилваније. Шуме пружају економски важне производе, као што су дрвна грађа, гинсенг и јаворов сируп. Такође штите сливове државе која садрже већину слатке воде државе. Пенн Стате идентификује различите претње шумским екосистемима, укључујући киселе кише и ширење урбанизације. Напори за очување врте се око едукације грађана Пенсилваније о важности управљања ресурсима, попут садње дрвећа.
Мочвара
Мочварна подручја, засићена водом, биљке домаћице погодне за влажно окружење. У Пенсилванији се мочваре јављају на поплавним равницама дуж река и потока, дуж ивица језера и у шумским мочварама или мочварама. Они су важно узгајалиште и мријестилиште риба, водоземаца и водених птица. Ови екосистеми такође пружају станиште неким угроженим или угроженим врстама у Пенсилванији, попут америчке горчине. Агенције савезне владе, укључујући америчку Службу за рибу и дивље животиње и државне агенције, као што је Одељење за заштиту животне средине Пенсилваније штити мочварне екосистеме државе законодавство.
Језера
Према Одељењу за заштиту и природне ресурсе Пенсилваније, Пенсилванија садржи приближно 2.500 водених површина класификованих као језера. Већина језера су заправо велике баре или вештачки резервоари. Слатководни екосистеми садрже разноликост живота, попут риба, бескичмењака, водоземаца и биљака. Такође пружају изворе пијаће воде за дивље животиње и људе. Одељење за заштиту и природне ресурсе Пенсилваније идентификује инвазивне врсте подводних биљака као претње изворним биљкама језера. Људи су такође допринели смањењу популације домаћих биљака прскањем хербицида у воду да би убили инвазивне врсте. Напори за очување врте се око едукације власника кућа у Пенсилванији о штети коју хербициди наносе домаћим биљкама.
Ријеке
Кроз Пеннсилваниа протичу многе реке, укључујући реке Охио, Сускуеханна и Аллегхени. Они чине мноштво слатководних екосистема широм државе. Према Заштитнику западне Пенсилваније, реке су најугроженији екосистеми у Северној Америци. Људске активности резултирале су губитком биодиверзитета у речним стаништима Пенсилваније. Преграда је успорила проток воде у многим рекама, што штети квалитету воде. Поред тога, вађење угља загадило је многе водене путеве. Слив реке Охио у држави и даље је један од најразноврснијих слатководних екосистема, насељен богатством врста риба и мекушаца, према Заштитној науци Западне Пенсилваније. Напори за очување и даље одржавају ову богату разноликост.