Камбоџа има трећу највишу стопу крчења шума на свету, мотивисана бербом дрвета као и чистом пољопривредом. Крчење шума уништава станишта и нарушава равнотежу осетљивих тропских земљишта. Без дрвећа које држи земљу на месту и не допуњава органску материју леглом, земљиште брзо нагриза и губи већи део плодности у првих неколико година обраде.
Обални екосистеми Камбоџе, од којих су многи шуме мангрове које пружају важна мријестилишта за рибу и заштиту од поплава, угрожени су од неколико фактора. Обални екосистеми гуше се седиментом који се испира из недавно пошумљених подручја у унутрашњости. Ове воде такође носе опасне пестициде и ђубрива. Лоше регулисане фарме шкампа проузрокују чишћење мангрова и испуштање вишка хранљивих састојака у воду, што резултира прекомерним растом алги и поремећајем екосистема.
Како се Камбоџа индустријализује, људи хрле у урбана подручја која расту пребрзо да би санитарна инфраструктура то могла пратити. Многа подручја немају канализационе системе или су у најбољем случају нефункционална. Канализација и индустријски отпадни отпад загађују подземне и површинске воде у многим урбаним областима. Опасни чврсти отпад често проналази пут да отвори депоније на којима може да исцури у подземне воде или да их ветар одува.