V 19. stoletju je bila taksonomija - klasifikacija živih organizmov - vse najbolj v življenju. Tako ljubiteljski kot profesionalni naravoslovci so bili tako ujeti v noro zbiranja in prepoznavanja bitij, redki hrošči so bili vroče blago. Takrat se je malo vedelo o mikroorganizmih in njihovem mestu v svetu živih bitij, klasifikacija mikrobiologije pa ni bila deležna toliko pozornosti. V zadnjih desetletjih se je znanje o mikrobih in metodah močno povečalo identificiranje mikroorganizmov, del tega povečanja pa se pokaže z učinkovito razvrstitvijo mikroorganizmi.
Sestavine taksonomije
Taksonomija ima tri komponente: nomenklaturo, klasifikacijo in identifikacijo. Nomenklatura preprosto določi ime za vrsto. Razvrstitev združuje vrste glede na skupne značilnosti - nekatere so fizične, nekatere pa biokemične. Identifikacija uporablja značilnosti organizma, da se v klasifikacijski shemi ugotovi, kam spada. Sodobna taksonomska shema ima največjo, najbolj vključujočo skupino, domene. Najmanjša skupina je vrsta. Od najbolj vključujočih do najbolj specifičnih ravni potekajo tako: domena, kraljestvo, vrsta, razred, vrstni red, družina, rod in vrsta. Vi ste na primer primat Eukarya Animalia Chordata Mammalia Hominidae Homo sapiens.
Mikroorganizmi in domene
Mikroorganizmi so izredno raznoliki. Ne opredeljuje jih nobena posebna struktura ali funkcija, ampak preprosto njihova velikost. Mikroorganizmi so tako potapljači, da spadajo v vse tri različne klasifikacije na najvišji ravni - vsa tri področja. Ena domena so bakterije, druga arheje, končna pa evkarija. Vsi člani bakterijskih in arhejskih domen so enocelični mikroorganizmi. Obe sta celici brez membran, ki ločujeta svoj genski material od ostale celice - membrane, ki definirajo jedro. Torej so vsa kraljestva, vrsta, razredi, redovi, družine, rodovi in vrste znotraj domen bakterij in arhej mikroorganizmi.
Enocelični protisti
Evkarije so organizmi, katerih celice vsebujejo jedro. Številni evkariontski organizmi so enocelični mikroorganizmi, mnogi drugi - na primer drevesa sekvoje ali vi - pa ne. Potrebne so dodatne klasifikacije. Kraljestvo Protista znotraj domene Eukarya sestavljajo samo enocelični mikroorganizmi. Protisti so ločeni v tri različne skupine fil: štiri različne vrste alg, štiri različne protozoje in dve različni plesni. Toda vsi organizmi znotraj te vrste - vsi znotraj kraljestva Protista - so mikroorganizmi.
Mikroskopske glive
Kraljestvo gliv je v domeni Eukarya. Nekatere vrste gliv vsebujejo mikroorganizme. Na primer, vrsta Zygomycota vsebuje mikroskopske plesni za kruh, vrsta Ascomycota pa kvasovke ter škodljivce in zajedavce mikrobioloških pridelkov. Lišaji so simbiotski sklop glive in fotosintetskega organizma - delno vsebovan v kraljestvu Fungi in delno v drugih kraljestvih ali celo na drugih področjih.