Taksonomisti uvrščajo vse življenje na Zemlji v eno od petih kraljestev. Člani prvih štirih kraljestev, Animalia, Plantae, Fungi in Protista, so vsi evkariontski organizmi. To pomeni, da imajo celice organizma, ki so lahko enocelične ali večcelične, svoj genski material v jedru. Peto kraljestvo, Monera, vsebuje vse enocelične organizme, ki nimajo pravega jedra. Člane kraljestva Monera pogosto imenujejo bakterije.
Eubacteriophyta
Eubacteriophyta so prave gram-pozitivne bakterije. Gram pozitivno pomeni, da bi te bakterije pozitivno vplivale na Gramov madež. Gram-pozitivne bakterije imajo višjo vsebnost peptidoglikana kot gram-negativne bakterije, medtem ko imajo gram-negativne bakterije višjo koncentracijo lipidov. Znotraj tega tipa so bakterije lahko sferične (coccus), paličaste (bacil) ali zamaške (spirillum).
Cyanophyta
Ta vrsta bakterij vsebuje organizme, ki so bili nekoč znani kot "modro-zelene alge". Danes so na splošno uvrščeni med cianobakterije, saj odsotnost jedra jasno kaže na to, da so tesneje povezane z drugimi bakterijami kot so do alg. Toda tako kot alge tudi cianobakterije vsebujejo klorofil in lahko fotosintetizirajo. Nekateri znanstveniki domnevajo, da so cianobakterije predhodniki kloroplastov v višjih fotosintetizirajočih organizmih, kot so alge in rastline.
Proteobakterije
Proteobakterije med najbolj raznolikimi vrstami v kraljestvu Monera vključujejo bakterije, ki vežejo dušik, zaradi česar je dušik iz zraka na voljo rastlinam in živalim. Brez njih življenje, kakršno poznamo, ne bi moglo obstajati. Med proteobakterije spada tudi znana E. coli in vrste salmonele, znane po tem, da so potencialni povzročitelji zastrupitve s hrano.
Spirohete
Kot pove že njihovo ime, imajo te bakterije navito obliko. Treponema pallidum, bakterija v tej vrsti, povzroča sifilis pri ljudeh. Borrelia burgdorferi, druga članica te skupine, povzroča boreliozo. Vse spirohete niso škodljive za svoje gostitelje. Nekateri živijo v prebavnih poteh termitov, kjer skupaj z drugimi mikroorganizmi prispevajo k sposobnosti termita, da prebavi celulozo. To je koristno, vsaj za termite.
Razvrstitev
Omeniti velja, da obstajajo različne šole mišljenja glede razvrščanja organizmov. Monera ni "uradne" taksonomije za določeno vrsto. Številni znanstveniki se dejansko naročijo na sistem, ki v celoti odpravi kraljestvo Monera in tudi druga štiri kraljestva, ki so to nadomestili s sistemom, v katerem je vse življenje razdeljeno na tri domene. Dve od njih bi vsebovali organizme, ki so bili prej člani Monera, medtem ko bi bilo vse drugo življenje del tretje domene.