Struktura deoksiribonukleinske kisline - DNA - se je že pred leti izkazala za dvojno vijačno, vendar je dogovor o poimenovanju vsakega sklopa postal tema zmede tako za znanstvenike kot za študente. Med dvojicami DNA se eden imenuje Watson, drugi pa Crick, po dveh soustanoviteljih DNK. Toda znanstvena literatura se ne strinja glede tega, kateremu pramenu je treba dati ime. Sistem poimenovanja Watson-Crick naj bi označeval različne funkcionalne lastnosti vsake verige v strukturi DNK, kar je isti cilj drugih sistemov poimenovanja. Ključnega pomena je razumevanje različnih kontekstov, v katerih morajo posamezni sklopi prevzeti različna imena. Dva popolna primera sta različni vlogi pri replikaciji ali transkripciji DNA. Če vemo, kaj posamezna veriga počne v biološkem procesu, bomo lažje razjasnili, zakaj je dobil to ime.
Anti-Sense ni nesmisel
Transkripcija je postopek kopiranja DNA v RNA. To naredi encim, imenovan RNA polimeraza (RNA Pol). RNA Pol bere samo eno od dveh verig DNA, saj tvori molekulo RNA. Dvoverižna molekula DNA se razdeli in RNA Pol se veže na eno verigo, ki jo bo prebrala in kopirala. Ta pramen se imenuje predlogo pramen ali anti-smiselni pramen. Nastala molekula RNA bo komplementarna matrični verigi, kar pomeni nukleotide šablona in molekula RNA se med seboj ujemata v skladu s pravili: adenin na uracil in gvanin na citozin.
Ta ima smisel
Ko se RNA prepisuje iz DNA, se RNA polimeraza veže na predlogo verige in jo kopira. Preostali sklop se imenuje kodirni sklop (glej referenco 5) ali smiselni sklop. Glede na osnovna pravila seznanjanja nukleinskih kislin (A parov s T in G parov s C) ima kodiranje ali smisel verige DNA enako zaporedje kot RNA, ki se tvori. Tu je izjema, da RNA namesto T (timin) vsebuje nukleotid U (uracil), ki se oba povežeta z A (adenin).
Smooth Ride
Pred mitozo ali delitvijo celic mora celica ponoviti svojo DNA, tako da bo imela vsaka hčerinska celica enako število verig DNA. DNA polimeraza je encim, ki kopira dolge dele DNA v več DNA. Na replikacijskih vilicah se molekula DNA odpne in tvori mehurček, v katerega drsi polimeraza. Polimeraza se veže na obe verigi odvite DNA in začne kopirati obe verigi. Ena od kopij je narejena kot en sam neprekinjen pramen, ki se imenuje vodilni pramen. Replikacija DNK je še en primer, ko imajo verige DNK različna imena.
Stop and Go Traffic
Proti vzporedni strukturi lestvice DNA pomeni, da ena veriga poteka od glave do repa, druga pa od repa do glave. Med replikacijo DNA mora DNA polimeraza hkrati prebrati in kopirati obe verigi, čeprav tečeta v nasprotnih smereh. Ker lahko DNA polimeraza bere in kopira verige DNA samo v eni smeri - od repa do glave - verige da polimeraza, ki je usmerjena v glavo do repa, ni mogoče brati in kopirati kot neprekinjeno pramen. Ta pramen od glave do repa se kopira kot kratki drobci, imenovani fragmenti Okazaki, ki se kasneje stopijo in tvorijo en dolg pramen. Pri replikaciji DNA se veriga, ki nastane v drobcih, imenuje zaostajajoča veriga.