Kloniranje je v etičnem vprašanju vroča etična težava, toda bakterije se ves čas klonirajo. V procesu, imenovanem binarna cepitev, ena bakterija podvoji velikost in genetski material, nato pa se razdeli, da nastane dve enaki celici.
V primerjavi z evkariontsko delitvijo celic ali mitozo je binarna cepitev razmeroma preprost postopek. Najprej bakterija kopira svojo DNA - genski material, ki je v bakterijah krožen. DNA daje vse informacije, potrebne za ustvarjanje enake celice. DNA se nato loči na nasprotnih koncih celice, beljakovine, potrebne za delitev celic, pa se zberejo v središču celice. Tudi bakterija običajno podvoji svojo znotrajcelično tekočino, imenovano citoplazma. Beljakovine cepijo celico na dva dela in pri večini bakterij je zgrajena nova celična stena, ki zaključi delitev.
Prednost binarne cepitve z vidika bakterij je, da je hitra in enostavna. Z vidika nadzora in preprečevanja bolezni je binarna cepitev koristna, ker poenostavlja proizvodnjo zdravil. Običajno je za zdravljenje bakterijske okužbe potrebno samo eno zdravilo, ker so vse bakterije enake in se bodo odzvale na enak način. Na žalost pa nekatere bakterije z mutacijo razvijejo odpornost na zdravila, zaradi česar je okužbe veliko težje zdraviti.