Mikroorganizmi v kanalizaciji izvirajo iz dveh virov - tal in sanitarnih odpadkov. Po navedbah spletnega mesta Mountain Empire Community College en mililiter odplak običajno vsebuje med 100.000 in milijon mikroorganizmov. Medtem ko ima večina teh organizmov, kot so različne vrste bakterij, ključno vlogo pri razgradnji odpadkov in so štejejo za sestavni del organske snovi, nekatere so patogene ali prenašajo bolezni in ogrožajo javnost Heath.
Parazitske bakterije
Bakterije so enocelični organizmi, ki se razmnožujejo v suspendiranih snoveh, na primer v blatu. Ko naletijo na zalogo hranil, se hranijo tako, da hrano vnesejo neposredno skozi celično steno in se hitro razmnožijo. Med številnimi vrstami bakterij v kanalizaciji so najpogostejše vrste fekalnih koliformnih bakterij, ki izvirajo iz človeškega črevesja in potujejo skozi človeški izpust. Za te parazitske bakterije je potreben živ organizem ali gostitelj in dostopna zaloga hrane.
Patogene bakterije
Posebne oblike parazitskih bakterij proizvajajo toksine, ki povzročajo bolezni v gostiteljskem organizmu. Te patogene vrste bakterij lahko izločijo ljudje, ki trpijo zaradi dizenterije, kolere, tifusne mrzlice in drugih črevesnih bolezni. Patogeni, ki jih običajno najdemo v kanalizaciji, vključujejo salmonelo, šigelo, E. coli, Streptococcus, Pseudomonas aeroginosa, mycobacterium in Giardia Lamblia, piše na spletni strani Sveta za kakovost in zdravje. Izbruhi šigeloze so posledica sladkovodnih lupinarjev, onesnaženih s pretoki odpadne vode, kot so zapisali ameriški centri za nadzor in preprečevanje bolezni. Zaradi rasti prebivalstva in povečanega odvajanja v odpadne vode nastala številčnost patogenih bakterij premaga naravne procese razgradnje in redčenja.
Saprofitne bakterije
Saprofitne bakterije požirajo odmrle organske snovi, kar pomaga razgraditi odpadke na anorganske in organske stranske proizvode. Te bakterije igrajo ključno vlogo pri čiščenju odplak, saj olajšajo ali pospešijo postopek razgradnje organskih snovi. Brez saprofitnih bakterij morda ne bo prišlo do razgradnje. Različne vrste saprofitnih bakterij propadejo, potem ko so odigrale svojo vlogo v ustrezni fazi razgradnje.
Virusi
Med mikrobi, ki jih najdemo v kanalizaciji, so virusi, ki so parazitski organizmi, ki zahtevajo, da se živa snov hrani, raste in razmnožuje. Patogeni virusi, ki obstajajo v odpadni vodi, vključujejo otroško paralizo in hepatitis. V kanalizacijskih odplakah najdemo tudi različne črevesne viruse, kot so koksaki, adenovirus in ECHO ali črevesna citopatska človeška sirota. Druga pogosta vrsta virusa v kanalizaciji, ki pleni bakterije, ne pa ljudi, je znana kot fag ali bakteriofag. V nasprotju z bakterijami je število patogenih virusov v kanalizaciji majhno. Glede na ocenjeno milijon koliformnih bakterij naj bi obstajal en nalezljiv virus, kot piše na spletnem mestu Mountain Empire Community College.