Dve prokariontski kraljevini sta Eubacteria in Archaea. Prokariot je razmeroma preprost enocelični organizem; bolj zapleteni organizmi (vključno z vsemi večceličnimi organizmi) so evkarionti. Prej je bilo samo eno kraljestvo prokariontov, znano kot Monera. Ko pa so znanstveniki odkrivali nove in bolj bizarne oblike življenja, je bilo treba ustvariti novo kraljestvo.
Značilnosti prokariota
V primerjavi z evkarionti so prokarionti sorazmerno preprosti enocelični organizmi. Prokarionti imajo le delček količine DNA kot evkarionti, manjka pa jim bolj zapletenih organelov, kot so mitohondriji. Pomembno je, da DNA prokariota ni v jedru (kar je glavno razlikovanje med prokarionti in evkarionti), temveč je prosto plavajoča v celici. Prokarionti se lahko razmnožujejo bodisi v spolnem bodisi v nespolnem razmnoževanju, nekateri pa imajo kloroplastne organele, ki jim omogočajo, da si sami ustvarijo hrano s postopkom fotosinteze.
Evbakterije
Kraljevina Eubacteria je prokariontsko kraljestvo, ki je znano že več kot sto let, predvsem zato, ker gre za bakterije, ki pri ljudeh povzročajo bolezni (znane tudi kot patogen). Obstaja na tisoče znanih vrst evbakterij, čeprav so na splošno razdeljene po svojih oblikah: paličaste, spiralne in sferične. Evbakterije so za globalni ekosistem pomembne, ker odmrlo organsko snov razgradijo v dušik, ki se nato vrne v ozračje in uporablja za gnojenje rastlin.
Arheje
Kraljestvo Archaea je relativno novo prokariontsko kraljestvo, njegovi organizmi pa se od evbakterij razlikujejo zaradi okolja, v katerem živijo. Arheje se razlikujejo od skoraj vseh drugih oblik življenja, saj lahko preživijo v ekstremnih okoljih, na primer na dnu morskih odprtin ali v kisli vodi. Tako kot evbakterije obstaja tudi vrsta vrst Archaea, nekatere pa imajo nobene sposobnosti drugi organizmi, na primer Halobacterium, ki s slano vodo napaja protonsko črpalko, ki ji daje energijo.
Virusi
Kljub podobnosti z evbakterijami in arhejami virusi ne veljajo za prokariontske organizme in zato nimajo svojega kraljestva. Čeprav imajo genetske informacije, kodirane v DNK, kot so prokarionti, virusi nimajo nobenih drugih organelov in se tudi ne obnašajo kot prokarionti. Za razmnoževanje se morajo virusi pritrditi na celice drugih organizmov; pomanjkanje neodvisnega načina razmnoževanja je pomemben razlog, da virusi niso uvrščeni med organizme.