Naravna mokrišča so kompleksen ekosistem. Tako kot drugi ekosistemi, bodisi na kopnem ali na vodi, tudi številni dejavniki vplivajo na obliko in delovanje mokrišč. Biotski in abiotski dejavniki in procesi so sestavni del naravnega mokriščnega ekosistema. Izraz "biotski" se nanaša na živa bitja. Izraz "abiotik" se nanaša na materiale, postopke ali dejavnike, ki niso živi.
Voda
Voda sama je morda najpomembnejši abiotski dejavnik naravnih mokrišč. Čeprav je voda bistvena za skoraj vse biološke procese, sama po sebi ni živa in se lahko pojavi neodvisno od živih bitij. V naravnih mokriščih je voda medij, v katerem obstaja in deluje celoten ekosistem. Mokrišča v regijah, ki so bile v preteklosti poledenjene - v obliki masivnih ledenih plošč - lahko svoje zgodnje začetke dolgujejo močnim rezbarskim učinkom ledenika. Torej, tudi voda v dramatično drugačni obliki je bila pomemben dejavnik pri razvoju mokrišč.
Zrak
Za razliko od vode je zrak sestavljen iz več kot ene kemične spojine. Kisik, dušik, ogljikov dioksid in več drugih plinastih snovi tvorijo kemično sestavo zraka. Zrak, zlasti kisik, ki ga vsebuje, je še en pomemben abiotski dejavnik v naravnih mokriščih. Skoraj vsak mokriščni ekosistem vsebuje številne vrste rastlin in živali. Zelene rastline uporabljajo ogljikov dioksid iz zraka; po drugi strani sproščajo kisik kot odpadni produkt. Živali delajo obratno; jemljejo in uporabljajo kisik ter oddajajo ogljikov dioksid kot odpadni produkt. Čeprav obstajajo organizmi, ki lahko živijo in rastejo v odsotnosti kisika, pa jih velika večina življenjske oblike v naravnem mokrišču - pod vodo in nad njeno površino - potrebujejo kisik iz zrak.
Sončna svetloba
Sončna svetloba je bistven abiotski dejavnik naravnih mokrišč. Sončna svetloba zagotavlja energijo, ki jo rastline potrebujejo za izvedbo fotosinteze. Ista energija se prek prehranjevalne verige ali prehranjevalne mreže prenaša na druge organizme na mokrišču. In temperatura je seveda abiotski dejavnik, ki je neposredno povezan s količino energije, ki jo mokrišče dobi od sonca.
Minerali
Pod vodo na dnu naravnega mokrišča so sedimentni materiali različnih vrst. Večina tega materiala je organskega ali biotskega izvora in izvira iz razpadajočih ostankov živih organizmov na mokrišču. Toda v tem usedalnem materialu je tudi mineralna komponenta. Mineralni delci različnih vrst in velikosti se mešajo z organskim materialom. Tako kot v kopenskih ekosistemih morajo tudi rastline v naravnem mokrišču pridobiti abiotična mineralna hranila, da lahko živijo in rastejo. In minerali niso omejeni na usedline na dnu; lahko se raztopijo neposredno v vodi, kjer tvorijo zapleteno naravno kemično mešanico, ki vpliva na dejavnike, kot je pH, merilo kislosti v vodi.
Kamnine
Poleg sorazmerno majhnih delcev mineralnih usedlin so na mokriščih pogosto večje kamnine različnih velikosti in vrst. Ali masivna, neprekinjena plast podlage, ki leži pod mokriščem in tvori njen temelj, ali relativno manjša kamnine, ki so pod vodo ali štrlijo nad gladino, so pri mnogih kamnine pomemben abiotski dejavnik mokrišča. Poleg zagotavljanja substratov za rastline in živali, ki lahko rastejo na skalah ali se nasedejo na njih naravni vremenski procesi - postopoma se razgrajujejo in mokrišču zagotavljajo mineralna hranila ekosistem.
