Abiotska značilnost je neživa sestavina ekosistema, ki vpliva na način razcveta živih bitij. Vodni biomi vključujejo ocean, jezera, reke, potoke in ribnike. Vsako vodno telo, ki prinaša življenje, je vodni biom. Vodni biomi gostijo številne abiotske značilnosti, vendar so še posebej odvisni od petih teh lastnosti.
Sončna svetloba
Sončna svetloba je ključnega pomena za fotosintezo, ki je osnova za večino prehranjevalnih verig v vodnih biomih. V plitvi vodi je količina razpoložljive sončne svetlobe v veliki meri odvisna od spreminjajočih se dejavnikov, kot so sezona, oblačnost in lokalna geografija. V globoki vodi oceana in nekaterih jezerih pa sončna svetloba prodre le del poti do dna in v popolni temi pusti velike zalive vode. Večina oceana sploh ne prejema sončne svetlobe. Življenje v teh globinah je v veliki meri odvisno od potapljanja ostankov iz plitvejših ekosistemov.
Temperatura
V majhnih vodnih telesih lahko temperatura močno niha med dnevom in nočjo ter glede na sezono. Organizmi morajo biti pripravljeni na te nihanja ali izumiranje. V velikih jezerih in globokih oceanih je temperatura odvisna od globine. Ko se sončna svetloba zmanjšuje z globino, voda postaja hladnejša in temperatura manj odvisna od površinskih razmer. Globoko v oceanu temperatura pade skoraj do ledišča in ostaja neverjetno stabilna. Izjema so majhni "otoki" pregrete vode, ki jih na dnu oceana zagotavljajo vulkanski odprtine, ki razvijajo lastne visoko specializirane ekosisteme.
Kemična sestava
Dve najpomembnejši kemikaliji, ki se raztopita v vodi, sta kisik in ogljikov dioksid. Kisik je potreben za podporo živalim in nekaterim oblikam alg, ogljikov dioksid pa za življenje rastlin. Če se ravnovesje med tema dvema kemikalijama zavrne, je to lahko posledica množičnega odmiranja rastlinskega ali živalskega sveta. Na kemično sestavo vode vplivajo tudi lokalne razmere v tleh in odtok človekovih dejavnosti. Rahlo zvišanje ravni nekaterih kemikalij je lahko zelo škodljivo za vodne organizme.
Teren
Zelo različni ekosistemi so se razvili, da izkoristijo podvodni teren. Počasna reka z blatnim dnom bo imela povsem drugačno populacijo rib kot potok, ki teče hitro in čisto čez skale. V oceanu se skriva raznoliko prebivalstvo, odvisno od koralnih grebenov, peščenih obal, skalnatih otoških gora ali širine odprtega oceana. Pogosto je vrsta v svojem življenjskem ciklusu odvisna od več kot enega terena, čeprav so nekateri strokovnjaki, ki ne morejo preživeti zunaj ozkega terena.
Motnje vode
Motnje v vodi so lahko v obliki valov, tokov ali gibanja rek. Količina motenj v vodnem telesu določa količino kisika in ogljikovega dioksida, ki se raztopi iz ozračje, razslojevanje temperature s površine na večje globine in učinki kemikalij, prisotnih v vode. Mirno jezero bo imelo ožji in bolj natančno določen nabor temperaturnih slojev kot ocean, ki ga valijo, medtem ko se življenjske potrebe v hitro tekoči reki razlikujejo od obeh.