Morski ekosistem je pod hudim stresom; na mnogih področjih so pogoji za ohranjanje življenja ogroženi ali pa jih sploh ni. Uničevanje morskih habitatov je še posebej razširjeno ob obalah, kjer se je povečala človeška populacija. Izguba habitata, onesnaževanje, prelov, uničujoče ribolovne prakse in globalno segrevanje vsi spodkopavajo morsko okolje.
Obalne črte
Izguba habitatov, onesnaženje, odtok in povečana slanost uničujejo koralne grebene, morske trave in druge habitate za ptice in ribe. Ko se obalna mokrišča nasipajo za naraščajočo človeško populacijo, zajezitev rek zmanjša pretok sladke vode, upočasni odtok hranil in zavira selitev rib. Manj sladke vode pomeni povečano slanost mokrišč in izlivov, kar škoduje travam, ki prečistijo vodo, ko teče v morje. Erozija, ki jo povzroča krčenje gozdov, pošlje mulj v reke, potoke in sčasoma v ocean, ki blokira sončno svetlobo, potrebno za preživetje koralnih grebenov.
Prekomerni ribolov
Ribiški biologi izračunajo največji trajnostni donos, da ocenijo količino rib, ki jih je mogoče uloviti od populacije, ne da bi tvegali njeno dolgoročno sposobnost preživetja. Med letoma 1974 in 1999 se je delež ribištva, ki je presegel največji trajnostni donos trske, potrojil, in sicer z 10 na 30 odstotkov. Po podatkih Centra za oceanske rešitve je od začetka devetdesetih let skupni ulov v enem največjih svetovnih Ohotsko morje se je zaradi produktivnega ribolova zmanjšalo med dva in dva in pol krat prelov. V Tihem oceanu več kot polovica otoških držav ne upravlja trajnostno s svojimi koralnimi grebeni.
Morsko dno
Gospodarska ribiška plovila, ki uporabljajo prakso, znano kot pridnena vlečna mreža, vlečejo velike mreže, pritrjene na težke uteži, po morskem dnu. Ciljne vrste vključujejo kozice, trsko, morskega lista in iverko, vendar je vse po morskem dnu ujeto. Dno z vlečno mrežo lahko pusti morski ekosistem trajno poškodovan in prilov (neciljne vrste, kot so morske želve, morske ptice in sesalci) preprosto vržemo čez krov. Prilov lahko znaša do 90% celotnega ulova, pogosto pa se ubijejo ogrožene ribe in globokomorske korale.
Zakisljevanje
Ko se podnebje segreva, ocean absorbira več ogljikovega dioksida, zaradi česar je bolj kisel. Povečana kislost zavira sposobnost morskih organizmov, da razvijejo lupine, to pa vključuje drobne živali, imenovane plankton, ki tvorijo osnovo prehranjevalne mreže oceana. Nekateri raziskovalci menijo, da bo to povzročilo tudi, da bodo nekatere morske vrste oddajale manj žveplovih spojin, ki spodbujajo nastanek oblakov, ki ohladijo Zemljo. Podnebni modeli napovedujejo, da bo to v tem stoletju povzročilo dodatno segrevanje za 0,5 stopinje Celzija.
