Filipini so država, bogata z biotsko raznovrstnostjo in endemizmom, z veliko naravnimi viri, ki prispevajo k gospodarstvu in lokalnim skupnostim. Njene obale in obalni habitati so še posebej pomembni, saj so ribištvo, kmetijstvo in industrija odvisni od vodnih poti in morskega okolja države. Grožnje habitatom in izgubi biotske raznovrstnosti prihajajo iz različnih praks, vključno s čiščenjem zemljišč, netrajnostnim ribolovom in onesnaževanjem.
Izguba gozdne prevleke
Med letoma 2000 in 2005 so Filipini na leto izgubili nekaj več kot dva odstotka gozdne pokritosti. To je bila druga najvišja stopnja v jugovzhodni Aziji. Od leta 2005 je veljalo, da je ostalo le tri odstotke primarnega gozda. Hitro krčenje gozdov povzroči različne nevarnosti za ekosistem, vključno z izgubo biotske raznovrstnosti, erozijo tal, poplavami, plazovi in zmanjšanjem kakovosti vode. Gozdovi so ogroženi zaradi komercialnega rudarjenja in sečnje gozdov.
Razgradnja koralnih grebenov
Filipini so globalno središče za morsko biotsko raznovrstnost obale. Nezakonito zbiranje in izvoz koral in živih grebenskih rib je povzročilo znatne škodljive učinke na biotsko raznovrstnost, stanje koralnih grebenov, pokrovnost morske trave in število rib. Le 5 odstotkov grebenov zadrži več kot 75 odstotkov živega koralnega pokrova. Destruktivne ribolovne prakse vključujejo prelov, ribolov z vlečno mrežo, ribolov dinamita in ribolov cianida, kjer se cianid raztopi v vodi in brizga v grebene, druge grožnje pa predstavlja onesnaženje in erozija.
Grožnje mangrovem
Grožnje mangrovam vključujejo prekomerno spravilo, onesnaženje in odstranjevanje zemljišč za kmetijstvo in naseljevanje ljudi. Gojenje kozic povzroči skoraj nepopravljivo in ekonomsko drago škodo na območju, kar je še bolj zaskrbljujoče, ker farme kozic postanejo donosne že po treh do petih letih. Uničenje mangrov je povezano tudi z degradacijo koralnih grebenov, saj grebeni ščitijo mangrove pred močnimi valovi in tokovi, ki odplavljajo drobne usedline, na katerih rastejo mangrove.
Izguba biotske raznovrstnosti
Filipini veljajo za megabiološko raznoliko državo. Ima veliko edinstvene flore in favne; pravzaprav je skoraj polovica kopenskih vretenčarjev in do 60 odstotkov žilnih rastlin edinstvenih za državo. Stopnja izgube biotske raznovrstnosti se kaže v nekaterih šokantnih ugotovitvah. Od leta 2006 je Mednarodna zveza za varstvo narave ocenila, da je nekaj več kot 20 odstotkov vrst vretenčarjev ogroženih. Okoli 127 vrst ptic velja za ogrožene, domači filipinski kakadu, ki je bil nekoč razširjen, pa je zdaj kritično ogrožen.