Kambodža ima tretjo najvišjo stopnjo krčenja gozdov na svetu, ki jo spodbujata posek lesa in posek v kmetijstvu. Krčenje gozdov uničuje habitate in moti ravnovesje občutljivih tropskih tal. Brez dreves, ki držijo zemljo na mestu in z organsko snovjo polnijo odpadke iz listov, se zemlja v prvih nekaj letih gojenja hitro erodira in v veliki meri izgubi rodovitnost.
Obalne ekosisteme Kambodže, med katerimi so številni gozdovi mangrov, ki so pomembna drstišča rib in zaščita pred poplavami, ogroža več dejavnikov. Obalni ekosistemi se zadušijo s sedimentom, ki se spere z nedavno izkrčenih gozdov v notranjosti. Te vode vsebujejo tudi nevarne pesticide in gnojila. Slabo urejene farme kozic povzročajo čiščenje mangrov in sproščanje odvečnih hranilnih snovi v vodo, kar povzroči zaraščanje alg in motnje ekosistema.
Ko se Kambodža industrializira, se ljudje zgrinjajo v urbana območja, ki rastejo prehitro, da bi sanitarna infrastruktura lahko sledila. Mnoga območja nimajo kanalizacijskih sistemov ali pa v najboljšem primeru ne delujejo. Kanalizacija in industrijski odplaki onesnažujejo podtalnico in površinske vode na številnih mestnih območjih. Nevarni trdni odpadki pogosto najdejo pot do odprtih odlagališč, kjer se lahko izpirajo v podtalnico ali jih veter odpihne.