Organizmom, ktoré žijú v prostredí, ktoré by poškodilo alebo zabilo väčšinu vecí, sa hovorí extremofil. Keď má toto extrémne prostredie veľmi nízke pH, zvyčajne nižšie ako tri, sú známe ako acidofily. Acidofilné baktérie žijú na rôznych miestach, od prieduchov na dne mora až po termálne prvky v Yellowstone pre ľudský žalúdok a všetky majú úpravy, ktoré im pomáhajú prežiť v drsných, kyslých podmienkach.
Helicobacter pylori
Helicobacter pylori je druh baktérie, ktorá sa nachádza v ľudskom žalúdku a je zodpovedná za 80 až 90 percent žalúdočných vredov (pozri odkaz 3). Má tvar skrutky s niekoľkými bičíkmi, ktoré jej pomáhajú v pohybe. Ľudský žalúdok môže mať pH tak nízke ako dve, dostatočne kyslé na to, aby denaturovali bielkoviny, začali tráviť jedlo a zabíjať väčšinu baktérií. Helicobacter pylori je acidofilný, ale radšej by nemal míňať energiu na ochranu pred škodlivými účinkami kyseliny, takže trávi veľa času hlboko v žalúdočnom hliene. Ak sa potrebuje presunúť z miesta na miesto, izoluje sa ochrannou bublinou tlmivého roztoku, ktorý neutralizuje kyselinu.
Thiobacillus acidophilus
Thiobacillus acidophilus je príkladom termo-acidofilu, čo znamená baktériu, ktorá má rada extrémne teplé aj mimoriadne kyslé prostredie. Nachádza sa v kyslých gejzíroch v národnom parku Yellowstone a na ďalších miestach. Je tiež zaujímavý tým, že je schopný fotosyntézy alebo získania energie zo slnka. Rovnako ako väčšina acidofilných baktérií prežíva pomocou veľmi účinnej protónovej pumpy, ktorá zabraňuje preniknutiu príliš veľa atómov vodíka dovnútra a zmene jeho vnútorného pH.
Acetobacter aceti
Väčšina acidofilných baktérií používa úpravy na udržanie neutrálneho vnútorného pH, aby kyselina nedenaturovala ich bielkoviny, ale Acetobacter aceti upravil svoje bielkoviny tak, aby ich nepoškodili kyslé prostrediach. Štúdia aplikovanej mikrobiológie životného prostredia našla viac ako 50 špecializovaných proteínov, ktoré sa vyvinuli, aby pomohli baktérii vyrovnať sa s kyslými podmienkami. Všetky tieto úpravy sú dobré pre ľudí, pretože tento druh používame na výrobu kyseliny octovej alebo octu už tisíce rokov.
Oligotropha corboxydovorans
V hlbokom mori, kde nepreniká žiadne svetlo, chrlia tepelné prieduchy na morskom dne kyseliny a iné toxické materiály. Tieto prieduchy tvoria základ neuveriteľného ekosystému. Jedna slávka, ktorá žije medzi tepelnými prieduchmi, má symbiotický vzťah s Oligotropha corboxydovorans. Slávka poskytuje domov a baktérie spotrebúvajú vodík, aby vyrobili energiu pre obidve. Atómy vodíka spôsobujú kyslosť systémov. Tieto baktérie našli spôsob, ako využiť vodík a zmeniť ich na miniatúrne palivové články.