Mikroerofily sú mikroorganizmy, ktoré nie sú zabíjané priamo prítomnosťou kyslíka ako takého, ale sú schopné tolerovať iba podatmosférické hladiny kyslíka v ich prostredí. To ich umiestňuje na metabolické spektrum medzi obligátnymi anaeróbmi, ktoré sú v skutočnosti usmrtené kyslík a povinné aeróby, ktoré vyžadujú rovnakú všeobecnú hladinu kyslíka ako vy, aj väčšina ostatných životov formy robia. Kyslík obsahuje asi 21 percent zemských atmosférických plynov; mikroaerofily najlepšie rastú v médiách s podstatne menším podielom, ale na ich prekvitanie je potrebných aspoň niekoľko.
Príkladmi aerotolerantných anaeróbov sú mikroaerofilné baktérie. Kyslík pre mikroaerofilov je skôr ako minerál, akým je železo pre ľudí: Všetci ľudia potrebujú na prežitie malé množstvo železa, jeho nadbytok je však jedovatý. Tieto baktérie spôsobujú, že enzýmy potrebujú na odbúravanie toxických vedľajších produktov aeróbneho metabolizmu, ale v menšom množstve v porovnaní s aeróbnymi organizmami.
Vo svete infekčných (patogénnych) chorôb je veľa príkladov aerotolerantných baktérií. Je to spôsobené predovšetkým tým, že kyslík sa môže dostať do niektorých častí tela, ale nie v takom množstve, v akom sú vystavené vonkajšej strane a pľúcam.
Vibrio
Baktérie tohto rodu sú priame alebo zakrivené a pri zafarbení farbivom sú gramnegatívne (baktérie sa zvyčajne klasifikujú ako grampozitívne alebo gramnegatívne). Podporuje sodík Vibrio rast a darí sa im vo vodnom prostredí. V tejto skupine V. cholery a V. parahaemolyticus sú hlavnými príčinami chorôb u ľudí. Vibrio baktérie môžu spôsobiť hnačku alebo infekcie mimo črevného traktu.
Campylobacter
Tieto mikroaerofily môžu byť v tvare S, zakrivené alebo v tvare tyčinky a sú spojené s gastrointestinálnymi infekciami. Často sa prenášajú zo zvierat (najmä hospodárskych zvierat) na človeka a je možné ochorieť potom, ako sa do tela dostane iba niekoľko stoviek týchto organizmov. Môže tiež produkovať kontaminované jedlo a voda Campylobacter infekcie.
Legionella
Legionellae sú malé gramnegatívne baktérie, ktoré spôsobujú mierne až vážne, dokonca smrteľné ochorenia dýchacích ciest. Sú známi tým, že sa im darí vo vyhrievanej vode, napríklad vo vírivkách. Legionellae sa nachádzajú v prírodných vodných útvaroch, ako aj v organizmoch vytvorených človekom, ako sú nádrže na teplú vodu. Existuje 20 odlišných Legionella druhy, ktoré sú od roku 2018 spojené s ľudskými chorobami.
Neisseria
Neisseriae sú gramnegatívne baktérie, o ktorých je známe, že u ľudí spôsobujú kvapavku, pohlavne prenosnú chorobu. Do roku 2004 sa verilo, že je infikovaných 112 zo 100 000 ľudí v USA, alebo asi jeden z každých 900 osôb. Ochorenie sa dá účinne liečiť antibiotikami. V ojedinelých prípadoch môže spôsobiť infekciu očí nazývanú konjunktivitída.
Helicobacter
Helicobacteriae sú gramnegatívne a zvyčajne zakrivené alebo špirálovitého tvaru, čo im dáva meno. Objavené v roku 1982 obývajú ľudské črevá a sú zapojené do gastritídy alebo zápalu žalúdka spolu s určitými typmi žalúdočných vredov. Môžu tiež pretrvávať v tele dlhšiu dobu bez toho, aby spôsobovali choroby.