Western blot je jedným z najbežnejších postupov v biochemických laboratóriách. V zásade oddeľuje proteíny od vzorky podľa veľkosti a potom testuje pomocou protilátok na zistenie, či je daný proteín prítomný. Je to užitočné nielen vo výskume, ale aj v lekárskych alebo diagnostických laboratóriách; testy na HIV aj na lymskú boreliózu zahŕňajú napríklad test ELISA (enzym-linked immunosorbent assay), po ktorom nasleduje Western blot, ak je test ELISA pozitívny. Napriek svojej popularite má však Western blot niekoľko nevýhod.
Kvantitatívne
Klasické západné bloty nie sú kvantitatívne. Inými slovami, aj keď môžu výskumníkom povedať, či je konkrétny proteín prítomný, neumožňujú kvantifikovať jeho množstvo. Niektoré biotechnologické spoločnosti v súčasnosti predávajú súpravy, ktoré umožňujú výskumníkom alebo laboratórnym technikom vyčísliť ich množstvo Prítomnosť proteínu pomocou štandardnej krivky - to však funguje, iba ak sú k dispozícii čisté vzorky rovnakého proteínu k dispozícii. Molekulová hmotnosť proteínu sa dá navyše odhadnúť iba pomocou Western blotu a nie presne ako pomocou hmotnostnej spektrometrie.
Protilátky
Western blot je možné vykonať, iba ak sú k dispozícii primárne protilátky proti danému proteínu. Aj keď sú protilátky proti mnohým rôznym proteínom dostupné od biotechnologických spoločností, nie sú lacné; ak pre daný proteín nie sú k dispozícii primárne protilátky, nebude možné uskutočniť Western blot hľadajúci konkrétny proteín. Vedci navyše môžu chcieť zistiť, či bol proteín nejakým spôsobom upravený - či bol fosforylovaný (mal a napr. fosfátová skupina) - a pomocou techniky Western blot potrebujú protilátky špecifické pre modifikované bielkoviny.
Školenie
Môže byť náročné riadne vykonať Western blot a dosiahnuť dobré výsledky, takže zamestnanci musia byť dobre vyškolení. V tomto, ako aj v mnohých iných, je možno skúsenosť najlepším lektorom; aj pre skúseného technika je však Western blot časovo náročný. Napríklad časť experimentu s gélovou elektroforézou bude trvať zvyčajne jednu až dve hodiny. Za chodu gélu je samozrejme možné vykonávať aj ďalšie úlohy, ale kým dosiahnete výsledky, experiment trvá stále dosť dlho.
Ďalšie obmedzenia
Protilátky môžu niekedy vykazovať určitú väzbu mimo cieľ, čo môže viesť k horším výsledkom. Navyše pri Western blote používate protilátku proti konkrétnemu proteínu, takže vaše výsledky vám povedia, iba ak bol tento proteín prítomný. Hmotnostná spektrometria s vysokým rozlíšením naopak odhaľuje všetky proteíny prítomné vo vzorke a na rozdiel od klasického Western blotu je kvantitatívna. Je dôležité samozrejme pamätať na to, že hmotnostná spektrometria je v porovnaní so Western blotmi oveľa nákladnejšia a tiež technicky náročnejšia na použitie.