Asi najdôležitejším spôsobom, ako sa spóry plesní líšia od bakteriálnych endospór, je to, že plesne sú klasifikované ako takzvané vyššie huby. Ako také obsahujú to, čo biológovia nazývajú typ eukaryotických buniek. Bakteriálne endospóry sa na druhej strane tvoria z baktérií, ktoré sú - ako skupina - klasifikované ako bunky typu prokaryotických buniek. Rozdiel medzi prokaryotickou bunkou a eukaryotickou bunkou je v biológii zásadný. Stručne povedané, bakteriálna bunka je štruktúrne oveľa jednoduchšia.
Eukaryotická bunka - ako bunky vo výtrusoch plesní - je plná komplexu bunkových štruktúr nazývaných organely. Organely vykonávajú všetky druhy bunkových funkcií a jednou z najnápadnejších organel je jadro. Eukaryotické bunkové jadro spór plesní obsahuje DNA, ktorá umožňuje bunke fungovať a množiť sa. To je v kontraste s bakteriálnymi endospórami, v ktorých je DNA v cytoplazme bunky viac-menej voľná.
Okrem jadra obsahuje eukaryotická spórová bunka také organely, ako je endoplazmatické retikulum alebo ER. ER je v podstate ako bludisko zložených membrán, v ktorých sa uskutočňuje veľa biochemických procesov nevyhnutných pre bunku. Vo výtrusoch plesní je ER spojený s jadrovým obalom, membránou, ktorá obklopuje bunkové jadro. V bakteriálnych endosporoch toto usporiadanie chýba.
Bakteriálne endospóry nevykazujú prakticky žiadnu úroveň bunkovej sofistikácie prítomnej v spóroch eukaryotických plesní. Ďalším rozdielom medzi bakteriálnymi endospórami a spórami plesní - okrem rozdielov v ich základných bunkových typoch - je úloha, ktorú zohrávajú v životných histórii ich príslušných organizmov. Bakteriálna endospóra je odolná štruktúra, ktorá sa vytvára v bunke baktérie. Na rozdiel od spór plesní je bakteriálna endospóra špeciálne upravená tak, aby odolávala nepriaznivým podmienkam prostredia. Kľúčovou vlastnosťou bakteriálnych endospór je zlúčenina zvaná kyselina dipikolínová. Aj keď táto zlúčenina nie je rozšírená vo výtrusoch plesní, slúži na sprostredkovanie odolnosti bakteriálnych endospór voči nepriaznivým podmienkam prostredia.
Existuje mnoho ďalších rozdielov medzi bakteriálnymi endospórami a spórami plesní. Väčšina z nich má opäť spoločné so základným rozdielom medzi eukaryotickou a prokaryotickou bunkou. Mnoho ďalších organel okrem tých, ktoré už boli opísané, je prítomných v spóre plesní, ale nie v bakteriálnych endospóre. Patrí medzi ne štruktúra nazývaná Golgiho aparát a ďalšie podobné ako takzvaný nukleolus. Nukleolus je štruktúra v jadre eukaryotických buniek a je aktívny v syntéze proteínov kritických pre funkciu buniek. Bakteriálne endospóry vykonávajú mnoho rovnakých základných životných funkcií ako spóry plesní, ale bez výhod sofistikovaných organel v spore plesní.