Ekosystém Florida Keys pozostáva z rozmanitých biotopov vrátane mangrovových porastov, koralových útesov a borovicových lesov, ktoré sú bohaté na jedinečné druhy. Ľudia sú tiež súčasťou ekosystému a ich činnosť ovplyvňuje všetky biotopy a zvieratá a rastliny, ktoré ich obývajú. Keysov ekosystém sa skladá z malej oblasti pevniny, preto sú dopady ľudskej činnosti zosilnené. Medzi dopady patrí znečistenie vody, zvýšené množstvo invazívnych druhov, nadmerný rybolov, negatívne účinky člnkovania a rozvoja miest a globálne zmeny podnebia.
Ľudská populácia v oblasti známej ako juhovýchodná Florida alebo Florida Keys vzrástla od roku 1970 do roku 2008 o viac ako 3,9 milióna. Oranžové háje ustúpili bytovej výstavbe, nákupným centrám, priemyslu a diaľniciam. Tieto zmeny priniesli ničenie prirodzených biotopov. Okrem toho sa zvýšilo znečistenie vody spôsobené čistením odpadových vôd a septickým pretečením a odtokom dažďovej vody, ktoré obsahuje ropu, pesticídy a ťažké kovy.
V roku 2010 navštívilo Keys 3,8 milióna návštevníkov. Mnohí z týchto návštevníkov sa venovali činnostiam, ako je rybolov. Okrem turistov a obyvateľov zapojených do týchto rekreačných aktivít je v tejto oblasti veľkým priemyselným odvetvím aj komerčný rybolov. Nadmerný rybolov vyčerpal druhy v ekosystéme Keys, zanechal menšie ryby a zmenil interakcie zložitej potravinovej siete.
Člnkovanie v tejto oblasti viedlo nielen k priamym zraneniam kapustňákov spôsobeným vrtuľami, ale vrtule tiež spôsobili zjazvenie na veľkých plochách morských rias. Lode narazia na plytčinu a poškodzujú koralové útesy, keď sa cez tieto jemné útvary škrabú kotvy. V kľúčoch sa každý rok vyskytne viac ako 500 uzemnení. To zničí biotop a negatívne ovplyvňuje celý potravinový reťazec, čo vedie k ďalším stratám druhov.
Keď sa ľudia pohybujú, prinášajú so sebou druhy z iných oblastí, ktoré sa môžu uvoľniť do ekosystému. Tieto druhy sa môžu usídliť a pretože nemajú žiadnych predátorov, stávajú sa veľmi úspešnými, konkurenčnými pôvodnými druhmi a meniacimi dynamiku celého ekosystému. Medzi invázne zvieratá a rastliny na ostrove Florida Keys patria perutýn a guinejská tráva. Okrem všetkých týchto miestnych priamych a nepriamych vplyvov sa predpovedá vplyv globálneho otepľovania na ohrev vôd oblasť o 4 až 10 stupňov Fahrenheita a zvýšiť hladinu mora, čo môže spôsobiť zmeny, ktoré sú príliš rýchle na to, aby oprava.