Výmena iónov sa široko používa na úpravu vody v priemyselných aj mestských systémoch úpravy vody. Tento postup poskytuje mnoho výhod oproti iným liečebným metódam. Je ekologický, poskytuje vysoký prietok upravenej vody a nízke náklady na údržbu. Spolu s týmito výhodami sú s iónovou výmenou spojené určité nevýhody, ako napríklad znečistenie síranom vápenatým, železo znečistenie, adsorpcia organických látok, organická kontaminácia živicou, bakteriálna kontaminácia a chlór kontaminácia.
Najbežnejším regeneračným činidlom (chemickým prostriedkom používaným na doplnenie živice) používaným pre katiónovú živicu je kyselina sírová. Niektorá extrémne tvrdá voda obsahuje vysoké množstvo vápniku a keď tento vápnik reaguje s regenerujúcou kyselinou sírovou, vytvára počas regeneračného procesu síran vápenatý ako zrazeninu. Táto zrazenina môže znečistiť guľôčky živice a môže upchať potrubie v nádobe.
Napájacia voda z vrtov podzemnej vody má rozpustné železo vo forme železnatého iónu. Malé množstvá tohto železa sa odstránia zmäkčovačmi iónovej výmeny, ale ak táto napájacia voda príde pred úpravou do styku so vzduchom, železnaté ióny sa premenia na železité ióny. Tieto železité ióny sa po reakcii s vodou vyzrážajú ako hydroxid železitý. Táto zlúčenina môže upchať guľôčky živice a ovplyvniť účinnosť živice. To môže mať dokonca za následok zlyhanie stĺpca zmäkčovača.
Kŕmna voda z jazier a riek zvyčajne obsahuje vysoké množstvo rozpustenej organickej hmoty. Žlté alebo hnedé sfarbenie tejto napájacej vody je spôsobené rozpadnutou vegetáciou a inými organickými látkami, ktoré sú v nej prítomné. Tieto organické látky môžu byť trvale adsorbované v živicových guľkách, čo vedie k zníženej účinnosti živice. Kvalita upravenej vody sa tak zhoršuje. Tieto organické nečistoty je možné odstrániť pred spracovaním živicou úpravou napájacej vody kamencom, aby sa vyzrážala organická hmota.
Samotná iónomeničová živica sa niekedy môže stať zdrojom organickej kontaminácie. V novej iónomeničovej živici často po výrobe zostávajú v živicových guľkách organické prvky. Takáto kontaminácia živice môže byť upravená priechodom upravenej vody cez ultrafiltračnú úpravňu.
Iónomeničové živice neodstraňujú mikroorganizmy, ako sú baktérie, z napájacej vody, ale niekedy pomáhajú pri bakteriálnom raste. V živicových lôžkach sa môžu hromadiť organické látky, ktoré slúžia ako zdroj živín pre ďalší rast baktérií. Ak je po ošetrení potrebná sterilná voda, je potrebné demineralizovanú vodu vyrobenú v iónomeničovej úpravni upraviť teplom, ultrafialovým žiarením alebo veľmi jemnou filtráciou. Iónomeničové živice môžu byť tiež ošetrené dezinfekčnými prostriedkami, ako je formaldehyd, nie však teplom alebo chlórom, pretože by to poškodilo živicu.