Rieka Mississippi je domovom rôznych vodných rastlín a živočíchov v komplexnom vzájomne prepojenom ekosystéme. Vodné rastliny poskytujú potravu a útočisko mnohým rôznym druhom v rieke a môžu byť také malé ako jednobunkové riasy. Rieka Mississippi ponúka množstvo zvierat, od bezstavovcov, cez ryby, žaby a iné.
Riasy
Podľa ministerstva prírodných zdrojov v Iowe Mississippi hostí dva hlavné druhy rias: zelenú a modrozelenú. Zelené riasy sú základnou biologickou súčasťou každého zdravého ekosystému; vytvárajú veľké kolónie, ktoré môžu dať vode nazelenalú farbu. Modrozelené riasy sú menej žiaduce a považujú sa za obťažujúce riasy. Sú spojené s namáhanými ekosystémami a môžu spôsobiť nepríjemné arómy rýb alebo zabiť celú populáciu.
Kačica
Táto obyčajná voľne plávajúca rastlina má jediný drobný list a korene, ktoré visia vo vode a nasávajú živiny. Ako naznačuje jeho názov, kačica je dôležitým zdrojom potravy pre mnohé vodné vtáky.
Lekná
Biele lekná sú bežným miestom v rieke Mississippi a sú zložené z veľkých, plávajúcich listov s kožovitou textúrou. Na vrchole listov vytvárajú veľké biele kvety a sú zakorenené v bahne dole.
Raky
Tieto kôrovce, ktoré sa tiež nazývajú langusty alebo crawdady, pripomínajú malé homáre. Sú to predovšetkým kŕmidlá pre dno a konzumujú lístie z iných zvierat, zdochlín a malých zvierat. V rieke Mississippi žijú pôvodné aj invázne raky.
Sumec
Lamanšský prieliv je v rieke Mississippi bežným javom. Sú najpočetnejším druhom sumcov. Tieto ryby môžu dorásť do prekvapivých veľkostí a držia sa predovšetkým na dne rieky. Sú pozoruhodné svojou tendenciou štrajkovať na rôzne druhy návnad, ale mali by sa jesť len zriedka kvôli nebezpečenstvu kontaminácie PCB (polychlórovaným bifenylom).
Leopard Frog
Tieto bodkované žaby sa tiež nazývajú lúčne žaby. Žijú v rieke Mississippi a v jej okolí. Často slúžia ako indikátor životného prostredia pre svoju náchylnosť k znečisťujúcim látkam a kontaminujúcim látkam. Väčšinu času trávia pozdĺž okrajov potokov a iných vodných plôch a jedia väčšinou hmyz, článkonožce a iné bezstavovce.