Existuje veľa rôznych druhov ekosystémov. Vodné ekosystémy tvoria veľkú časť svetových ekosystémov a možno ich klasifikovať ako sladkovodné ekosystémy alebo morské ekosystémy. Obyvatelia ktoréhokoľvek typu ekosystému sa prispôsobia prežitiu v konkrétnom súbore podmienok, ktoré daný ekosystém predstavuje.
Ekosystém je spoločenstvo držané pohromade komplexnými interakciami medzi biotickými a abiotickými faktormi v danej oblasti. Biotickými faktormi ekosystému sú živé časti, ako sú rastliny, zvieratá, baktérie a huby. Medzi abiotické faktory patrí pôda, voda a iné neživé prvky prítomné v životnom prostredí. Ekosystém môže byť veľký ako púšť alebo malý ako prílivový bazén. Živých vecí bude len toľko, koľko ich dokáže zabezpečiť zásoba potravín. Obyvateľstvo ekosystému určujú interakcie, ako sú korisť dravec a korisť. Každý živý tvor musí plniť svoju úlohu, ktorá prispieva k celkovému úspechu a prežitiu ekosystému.
Pojem morský označuje ekosystém súvisiaci s oceánmi. Podľa Agentúry na ochranu životného prostredia (EPA) tvoria morské ekosystémy približne 70 percent svetových ekosystémov. Morské ekosystémy sú jedinečné vďaka suspendovaným rozpusteným zlúčeninám vo vode, predovšetkým soli. Organizmy také malé ako mikroskopický planktón a také veľké ako veľryby obývajú rôzne druhy morských ekosystémov. Medzi morské ekosystémy patria oceány, ústia riek a slané močiare, koralové útesy, mangrovové lesy, lagúny, morské riasy a prílivové pásmo, ktoré sa tiahne až k plážam.
Existuje veľa druhov sladkovodných ekosystémov. Rieky, jazerá, rybníky a potoky sú najbežnejšími sladkovodnými zdrojmi. Za sladkovodné ekosystémy sa považujú aj nádrže, mokrade a zdroje podzemnej vody. Sladkovodné ekosystémy neobsahujú rovnaké rozpustené látky vo vode ako morské ekosystémy, takže živočíchy a rastliny, ktoré tam žijú, by v morskom ekosystéme neprežili. Pretože sladká voda neobsahuje soľ, je náchylnejšia na zmrazenie a rozmrazenie. Sladkovodné rastliny a zvieratá sa prispôsobili tak, aby prežili tento proces. Majú tiež dýchacie štruktúry prispôsobené špeciálne pre sladkú vodu a vyvinuli si reprodukčné a stravovacie správanie, ktoré im umožňuje úspešné prežitie v ich prostredí.