Koralové útesy sú zvápenatené morské štruktúry tvorené exoskeletonmi koralov a tromi hlavnými druhmi rastlín. ktoré interagujú s koralovými útesmi sú riasy, morské trávy a mangrovy, pričom riasy sú rozdelené na červenú a zelenú odrôd. Mnohé z týchto morských rastlín prospievajú koralovým útesom. Ekosystémy koralových útesov zahŕňajú aj širokú škálu fauny a sú jedným z najživších ekosystémov na Zemi.
Červené riasy a koralové útesy
Určitý druh červených rias nazývaný koralínové riasy môže mať hlavnú úlohu pri zvyšovaní stability koralového útesu. Koralínové riasy ukladajú vo svojich bunkových stenách ochranný vápnik a tieto pokryté riasy pôsobia tak, že spájajú rôzne koraly a zlepšujú štruktúru útesu. Geniculate corallines majú pokrytú stromovitú štruktúru, ktorá je do istej miery flexibilná kvôli prítomnosti niektorých nevyvážených oblastí. Nongeniculate corallines sú pomaly rastúce kôry, ktoré sa môžu okrem koralov pripevniť aj na skaly, mušle, iné riasy a morské trávy.
Zelené riasy a koralové útesy
Zelené riasy tvoria ďalšiu skupinu morských rastlín, ktoré sa prispôsobili tak, aby prežili na koralových útesoch. V skutočnosti sú koraľovo zelené riasy v určitých oblastiach také úspešné, že sa pre svojich hostiteľov stávajú skutočne hrozbou. Keď je vzťah medzi koralovým útesom a zelenými riasami v rovnováhe, riasy rastú na útese a poskytujú potravu pasúcim sa rybám. Keď však dôjde k veľkému prílivu živín vo forme pobrežných odpadových vôd, riasová komunita sa preplní, exploduje vo veľkosti a následne znižuje prítomnosť baktérií, ktoré sú prospešné pre koraly, a zároveň podporuje rast škodlivých baktérie.
Morské trávy a koralové útesy
V rámci dôležitej ekologickej trojstrannej interakcie s koralovými útesmi a mangrovníkmi sa morským riasam darí v pobrežných biotopoch. Vody chránené pred vlnami oceánu koralovými útesmi umožňujú morským riasam zakoreniť sa a morské trávy na oplátku pomaly dole a zachytávať sedimenty, čím zabráni tomu, aby zaťaženie sedimentov vo vode bolo príliš vysoké na to, aby to koraly dosiahli prežiť. Morské lúky môžu obsahovať niekoľko rôznych druhov a dosahujú iba hĺbky, ktoré umožňujú požiadavky fotosyntézy.
Mangrovy a koralové útesy
Rovnako ako morské trávy, aj mangrovy kvitnú v dôsledku ochrany pred prudkými vlnami oceánu, ktorú poskytujú koralové útesy. Mangrovy sú prospešné pre morské trávy aj pre koralové útesy predovšetkým zmierňovaním erózie pobrežia a zabránením vstupu škodlivého množstva sedimentu do pobrežných vôd. Mangrovové lesy fungujú aj ako nárazníková zóna pre odtok znečistenia, najmä splaškové vody bohaté na živiny, ktoré môžu narušiť ekologickú rovnováhu systému koralových útesov - morských lúk a mangrovových lesov. Morské korene mangrovov tiež fungujú ako kritické škôlky pre mnoho pobrežných druhov rýb.