Atmosférický kyslík vyžadujú všetky suchozemské a vodné rastliny a zvieratá na dýchanie: rozklad organických zlúčenín pre uhlík a energiu potrebnú na udržanie a rast buniek. Rastliny a zvieratá potom vracajú kyslík späť do atmosféry, pôdy alebo vody, aj keď existuje niekoľko spôsobov, ako kyslík prijať, predovšetkým interakciou s inými molekulami v pôde a vode.
Vzduch, pôda a voda
Atmosféra Zeme má koncentráciu kyslíka 21 percent a prvok sa rýchlo cykluje medzi rastlinami, zvieratami a atmosférou prostredníctvom fotosyntézy a dýchania. Vo vode sa kyslík pohybuje oveľa pomalšie, takže spotreba kyslíka dýchaním často prevyšuje produkciu fotosyntézou, čo vedie k denným posunom koncentrácií rozpusteného kyslíka. Prienik kyslíka do nasýtenej pôdy je podobne oveľa pomalší ako v suchej pôde, čo vedie k rôznym koncentráciám kyslíka v rôznych častiach pôdy. To zase ovplyvňuje ďalší transport kyslíka.
Fotosyntéza
Pri fotosyntéze sa atmosférický oxid uhličitý premieňa na glukózu vo vnútri listov rastlín. Kyslík je vedľajším produktom fotosyntézy a je uvoľňovaný rastlinami späť do atmosféry. Môže sa tiež uvoľňovať cez koreňový systém a poskytovať tak pôde kyslík. Ponorená vodná vegetácia a fytoplanktón uvoľňujú do vody kyslík produkovaný počas fotosyntézy. Pozemné aj vodné
Dýchanie
Dýchanie je bunkový proces vykonávaný rastlinami aj zvieratami. Počas dýchania sa molekulárny kyslík používa na rozklad organických zlúčenín uhlíka. U zvierat tento uhlík pochádza z potravy, ktorú konzumujú, zatiaľ čo uhlík v rastlinách sa získava počas fotosyntézy. Dýchanie, ktoré vyžaduje kyslík, sa nazýva aeróbne dýchanie a pozostáva z kyslíka prijímajúceho elektróny z uhlíka. Na príjem elektrónov z uhlíka možno použiť aj iné prvky ako kyslík, ktoré sú však menej účinné.
Anaeróbne dýchanie
Kyslík poskytuje najviac energie rastlinám, zvieratám a mikróbom počas dýchania. Keď sa však spotrebuje všetok kyslík vo vode alebo v nasýtenej pôde, môžu niektoré mikróby nahradiť iné zlúčeniny pre kyslík, vrátane železa, mangánu, dusičnanu a síranu, v procese známom ako anaeróbne dýchanie. Anaeróbne dýchanie je bežné v mokradných pôdach, ktoré sú často zaplavované a majú nižšiu koncentráciu kyslíka ako suchšie pôdy. Keď kyslík znovu vstúpi do pôdy alebo vody, začne sa znova aeróbne dýchanie.