Veľmi málo baktérií produkuje endospóry. Iba niektoré z týchto druhov v kmeni Firmicute produkujú endospóry, ktoré sú nereprodukčnými štruktúrami obsahujúcimi DNA a časť cytoplazmy. Endospóry nie sú pravé spóry, pretože nie sú potomkami baktérie. Endospóry sa tvoria, keď sú baktérie vystavené extrémnym alebo nepriaznivým podmienkam prostredia. Môžu prežiť dlho, aj keď sú hladní a vystavení chemikáliám a teplotám, ktoré by normálne zabíjali baktérie.
Bacilné baktérie
Baktérie rodu Bacillus sú najčastejšie študované zo všetkých baktérií produkujúcich endospóry. Baktérie Bacillus sú rozmanité a darí sa im v mnohých rôznych prostrediach. Endospóry týchto baktérií sú vysoko toxické pre mnohé organizmy vrátane človeka. Patogén Bacillus anthracis je známy toxín, ktorý používajú vedci aj teroristi. Existuje však mnoho ďalších druhov Bacillus.
Clostridium Bacteria
Rovnako ako iné druhy baktérií produkujúcich endospóry, aj baktérie Clostridium sú grampozitívne, čo naznačuje, že majú podobné vlastnosti, ako je štruktúra bunkovej steny. Grampozitívne baktérie sú citlivé na rovnaké alebo veľmi podobné antibiotiká. Baktérie rodu Clostridium sú zodpovedné za širokú škálu ľudských chorôb od miernej otravy jedlom až po botulizmus, ako aj tetanus a gangréna.
Desulfotomaculum Bacteria
Podobne ako iné baktérie produkujúce endospóry, aj baktérie rodu Desulfotomaculum sú zodpovedné za kazenie potravy a choroby. Baktérie Desulfotomaculum môžu spôsobiť pokazenie zle konzervovaných potravín. Ak sú v dostatočnom množstve, vytvárajú nepríjemný zápach podobný síre.