Как интерпретировать гель агарозы

После того, как вы обработали образцы ДНК на агарозном геле и сделали снимок, вы можете сохранить снимок для дальнейшего использования, после чего вы сможете проанализировать результаты и интерпретировать их. То, что вы ищете, будет зависеть от характера вашего эксперимента. Например, если вы делаете дактилоскопию ДНК, вам нужно будет сравнить размер фрагментов ДНК из двух образцов - возможно, от подозреваемого и образца с места преступления. Напротив, если вы работаете с плазмидами из бактерий, вам может потребоваться убедиться, что плазмида содержит вставку. Следовательно, то, как вы интерпретируете свой гель, будет частично зависеть от проведенного вами эксперимента. Тем не менее, вы можете применить некоторые общие правила.

Обратите внимание, что вам может потребоваться или не потребоваться использовать инструкции в этом разделе. Электрофорез в агарозном геле часто используется для подтверждения того, что плазмида содержит данную вставку. Если вы не работаете с плазмидами, можете пропустить этот раздел. Если да, то вы можете следовать этим инструкциям.

Обратите внимание, что если вы работаете с неразрезанными или разорванными плазмидами, вы не можете оценить размер, используя процедуру из раздела 1 выше. Это потому, что неразрезанные и разорванные плазмиды мигрируют от линейной ДНК с разной скоростью.

Сравните количество полос на каждой полосе. Напомним, что рестрикционный фермент разрезает ДНК в сайтах, где встречается заданная последовательность, называемая сайтом рестрикции. Если образец обрабатывали ДВУМЯ рестрикционными ферментами, должны присутствовать полоса для вставки и полоса для остатка плазмиды. Это потому, что вставка будет фланкирована двумя сайтами рестрикции, каждый для другого фермента, поэтому разрезы на обоих этих сайтах освободят вставку от плазмиды. Напротив, разрез только на одном сайте преобразует плазмиду в линейную ДНК. Таким образом, нарезка образца без рестрикционных ферментов или с одним рестрикционным ферментом должна иметь одну полосу, а нарезка образца с двумя рестрикционными ферментами должна иметь две полосы.

Обратите внимание на полосы, созданные разорванной плазмидной ДНК. Разрезанная плазмида имеет разрез только в одной цепи, поэтому она мигрирует медленнее, чем разрезанная плазмида. Разрезанные плазмиды, в свою очередь, мигрируют медленнее, чем неразрезанная ДНК.

Оцените размер вставки, используя процедуру, описанную в разделе 1, и определите, соответствует ли она вашим ожиданиям (которые будут варьироваться в зависимости от эксперимента).

Вещи, которые вам понадобятся

  • Карандаш
  • Бумага
  • Программа электронных таблиц
  • Изображение вашего геля
  • Правитель
  • Доля
instagram viewer