Pe Pământ, energia soarelui conduce vânturile; așa că pe Neptun, unde soarele pare nu mult mai mare decât o stea, te-ai aștepta la vânturi slabe. Cu toate acestea, opusul este adevărat. Neptun are cele mai puternice vânturi de suprafață din sistemul solar. Cea mai mare parte a energiei care alimentează aceste vânturi provine din planeta însăși.
În comparație cu oricare dintre planetele uriașe gazoase, atmosfera Pământului este un bazin de seninătate. Pe Jupiter, vânturile din Mica Pătare Roșie ating 618 kilometri pe oră (384 mile pe oră), care este aproape de două ori mai rapidă decât vânturile din cel mai aprig uragan terestru. Pe Saturn, vânturile din atmosfera superioară pot sufla de aproape trei ori mai tare decât atât, la 1.800 de kilometri pe oră (1.118 mile pe oră). Chiar și aceste vânturi se așează pe spatele celor din apropierea Marelui Punct Întunecat al lui Neptun, pe care astronomii le-au atins cu 1.931 kilometri pe oră (1.200 mile pe oră).
La fel ca Jupiter și Saturn, Neptun generează mai multă energie decât primește de la soare, iar această energie care radiază din miezul planetei este cea care conduce vânturile puternice de la suprafață. Jupiter radiază energie rămasă de la formarea sa, iar energia pe care o radiază Saturn este în mare parte rezultatul fricțiunii produse de ploaia de heliu. Pe Neptun, o pătură de metan - care este un gaz cu efect de seră - captează căldura. Dacă planeta ar fi ca Uranus (căruia îi lipsește o sursă internă de energie), căldura ar fi radiat în spațiu cu mult timp în urmă. În schimb, chiar dacă temperaturile sunt înghețate, planeta radiază de 2,7 ori mai multă căldură decât primește de la soare, ceea ce este suficient pentru a-și conduce vânturile feroce.