Ecosistemul Florida Keys este alcătuit din diverse habitate, inclusiv mangrove, recife de corali și pinelands, care sunt bogate în specii unice. Și oamenii fac parte din ecosistem, iar activitățile lor afectează toate habitatele și animalele și plantele care le locuiesc. Ecosistemul Cheilor este compus dintr-o mică suprafață de teren, prin urmare, impactul activităților umane este amplificat. Impacturile includ poluarea apei, creșterea speciilor invazive, pescuitul excesiv, efectele negative ale navigației și dezvoltării urbane și schimbările climatice globale.
Populația umană din zona cunoscută sub numele de Southeast Florida sau Florida Keys a crescut cu peste 3,9 milioane în perioada 1970-2008. Plantațiile de portocali au dat loc dezvoltărilor de locuințe, mall-urilor, industriei și autostrăzilor. Aceste schimbări au adus distrugerea habitatelor naturale. În plus, poluarea apei a crescut, cauzată de tratarea apelor uzate și de deversarea septică și scurgerea apei pluviale care conține petrol, pesticide și metale grele.
În 2010, au fost 3,8 milioane de vizitatori la chei. Mulți dintre acești vizitatori s-au angajat în activități precum pescuitul. În plus față de turiști și rezidenți care se angajează în aceste activități recreative, pescuitul comercial este o industrie mare în zonă. Pescuitul excesiv a epuizat speciile din ecosistemul Cheilor, lăsând pești mai mici și schimbând interacțiunile rețelei alimentare complexe.
Plimbarea cu barca în zonă a condus nu numai la rănirea directă a lamantinilor cauzată de elice, dar și elicele au cicatrizat suprafețe mari de iarbă marină. Ambarcațiunile încalecă și distrug recifele de corali, deoarece ancorele se războiesc peste aceste formațiuni delicate. Peste 500 de împământări au loc în fiecare an în Chei. Acest lucru distruge habitatul și afectează negativ întregul lanț alimentar, ducând la pierderea ulterioară a speciilor.
Pe măsură ce oamenii se mișcă, aduc cu ei specii din alte zone care pot fi eliberate în ecosistem. Aceste specii își pot stabili reședința și, deoarece nu au prădători, pot deveni foarte reușite, depășind speciile native concurente și schimbând dinamica întregului ecosistem. Animalele și plantele invazive din Florida Keys includ peștele-leu și iarba Guineei. Pe lângă toate aceste impacturi directe și indirecte locale, se preconizează că efectele încălzirii globale vor încălzi apele zona cu 4 până la 10 grade Fahrenheit și creșterea nivelului mării, provocând posibil schimbări prea rapide pentru ca ecosistemul reparație.