Arborii de conifere prezintă două tipuri de conuri: conul de polen și conul de semințe. Unele conifere au ambele tipuri de conuri pe același copac, făcând posibil ca arborele să se polenizeze singur. Polenizarea încrucișată are loc atunci când un copac produce numai conuri de semințe și, prin urmare, trebuie fertilizat prin polenul care se deplasează către conurile de semințe din conurile de polen situate pe alți copaci din apropiere.
Conurile de polen sunt caracteristic mai mici și mai largi decât conurile de semințe. Conurile de polen tind să meargă undeva și să moară odată ce polenul din conuri a fost eliberat pentru a fertiliza conurile de semințe. În faza sa inactivă, un mugur de conifere poate fi masculin, feminin sau vegetativ. Distingerea tipurilor de muguri în această etapă este posibilă numai prin disecție. Un indiciu care poate ajuta la identificarea conului de polen este locația sa. Conurile de semințe tind să se dezvolte mai sus în copac pentru a ajuta la dispersare odată ce semințele sunt polenizate.
Conurile de semințe sunt utilizate în mod obișnuit pentru a identifica tipul de copac, deoarece rămân pe sau sub copac pentru o perioadă mai lungă de timp. Mugurii subțiri ai conului de semințe se umflă timp de patru până la șase săptămâni până când încep să iasă solzii ovuliferi cu vârf roșu sau verde. Solzii tind să se plieze în poziție verticală de la baza conului și apoi să cadă în jos după ce au acceptat polenul din conurile de polen pentru a iniția dezvoltarea semințelor și a semnaliza maturitatea conului.
Unele conifere nu au nici polen, nici conuri de semințe. În schimb, pomul produce fructe care acoperă parțial semințele. Tisa canadiană este un exemplu de conifer producător de aril care conține o acoperire cărnoasă pentru a conține semințele copacului. Pentru a preveni pierderea excesivă de semințe datorită prădătorilor de animale și păsări care ar putea dori să se hrănească cu rod al tisa, acest copac s-a adaptat astfel încât fructul său este toxic și semințele sunt lăsate netulburat.
Coniferele conice, sau pinophyta, sunt clasificate ca gimnosperme (cu semințe goale) deoarece ovulele și semințele lor nu sunt închise în ovare sau se găsesc în învelișurile de protecție a fructelor. Dacă o coniferă are atât polen, cât și conuri de semințe pe același copac, este clasificat în continuare ca sporofit diploid. Odată ce semințele se formează după polenizare, solzii conului se deschid pentru a elibera semințele pentru dispersare prin apă, vânt și mișcarea omului și a animalelor.