Ecosistemele pădurilor tropicale oferă un cămin pentru unele dintre cele mai dense și diverse comunități de animale de pe Pământ. Cu toate acestea, pădurile tropicale sunt exploatate în mod constant pentru resursele lor bogate. Practicile umane precum mineritul și defrișările au efecte grave asupra acestor habitate, determinând nenumărate specii de animale să-și piardă casele într-un ritm alarmant.
Păsări
Mai multe specii de tucani, papagali și alte păsări tropicale din pădurile tropicale sud-americane și centrale sunt amenințate cu dispariția din cauza tăierilor forestiere și a altor cauze ale defrișărilor. Vulturul harpia, una dintre cele mai mari specii de vulturi cunoscute la nivel mondial, prosperă în zonele joase ale pădurii tropicale din sudul Mexicului până în estul Boliviei; habitatul acestei păsări se micșorează în mod constant din cauza practicilor de defrișare netede, precum și a distrugerii locurilor de cuibărit din practicile industriale, cum ar fi mineritul și forarea petrolului. Pierderea habitatului amenință, de asemenea, mii de specii de păsări migratoare. Aceste specii călătoresc spre nord în timpul verii nord-americane și înapoi la tropice în timpul iernii; din ce în ce mai mulți se întorc în fiecare an pentru a nu găsi casă și / sau locații de cuibărit distruse.
Mamifere
O gamă largă de specii de mamifere își pierd casele în pădurea tropicală, de la cel mai mic rozător la cel mai mare prădător. Multe mamifere mai mari au nevoie de mult spațiu pentru a hrăni și / sau a vâna. Pe măsură ce practicile industriale progresează în anumite zone, mamiferele din pădurea tropicală, cum ar fi gorilele, jaguarii și pumele, trebuie să se limiteze la habitate fragmentate, cu resurse insuficiente. Defrișarea afectează cel mai direct mamiferele arborice (cele care trăiesc în copaci), cum ar fi veverița zburătoare și liliacul cu fructe, precum și mai multe specii de maimuțe. Comunități întregi rămân fără adăpost, forțându-le să se adapteze la medii fără copaci pentru care nu sunt pregătite.
Reptile și amfibieni
Defrișarea reprezintă principala cauză a pierderii habitatului pentru majoritatea reptilelor din pădurea tropicală, în timp ce multe specii de amfibieni își pierd și casele din cauza foraje petroliere și practici miniere care contaminează iazurile, râurile și cursurile de apă, forțându-i să găsească noi surse de apă pentru stilul lor de viață semiacuatic. Printre speciile de reptile și amfibieni amenințate și pe cale de dispariție se numără broasca de aur, gecko-ul din Madagascar și iguanele, precum și mai multe specii de broaște cu săgeți otrăvitoare, mai ales cele din Columbia.