Na eletroforese em gel, as amostras de DNA ou proteínas são separadas - normalmente com base no tamanho - pela aplicação de um campo elétrico que faz com que elas migrem através de um gel. O uso de eletroforese em gel é rotina em laboratórios de pesquisa biomédica e é usado para responder a uma variedade de perguntas diferentes, portanto, não há realmente uma maneira universal de analisar os resultados.
Diferentes técnicas, como Western blotting, Northern blotting e Southern blotting, por exemplo, envolvem eletroforese em gel.
Se você está fazendo gel de agarose eletroforese de amostras de DNA, o tipo mais comum de procedimento, você normalmente precisará fazer pelo menos duas coisas: 1) distinguir sem cortes plasmídeos de inserções, plasmídeos cortados e plasmídeos cortados e, 2) estimar o tamanho dos vários fragmentos de DNA com uma curva padrão Excel ou calculadora.
Verifique seu caderno de laboratório para determinar quais amostras foram carregadas em quais pistas. Quando você carregou os poços para o seu gel, você deve ter anotado a identidade de cada pista / amostra.
Usando uma régua, meça a distância em sua imagem desde os poços até o corante de rastreamento, que irá viajaram mais longe do que qualquer uma das bandas de DNA (em outras palavras, estará na parte inferior do gel). Registre este número - as unidades que você usa não são importantes.
Meça a distância em sua imagem dos poços a cada uma das faixas na "escada" e, em seguida, divida essa distância pela distância percorrida pelo tinta de rastreamento banda. Este cálculo fornece a mobilidade relativa de cada banda.
Exemplo: Suponha que a banda do corante de rastreamento viajou 6 polegadas e temos três bandas que viajaram 5, 4,5 e 3,5 polegadas.
Qual é a sua mobilidade relativa? Resposta: Dividimos 5, 4,5 e 3,5 por 6 para obter mobilidades relativas de 0,833, 0,75 e 0,5833.
O fabricante fornece o tamanho de cada fragmento nas escadas que fornecem, portanto, você já deve ter essa informação.
Use a função Trendline em seu programa de planilha para ajustar uma equação aos dados. Esta equação deve ser uma equação de potência (por exemplo, x ^ -2) e deve se ajustar aos dados relativamente bem (coeficiente R de pelo menos 0,9). Isso cria uma curva e uma curva padrão Excel.
Lembre-se de que fragmentos de DNA menores viajam mais longe através do gel do que fragmentos grandes de DNA, portanto, os mais próximos do corante de rastreamento serão os menores. Observe, no entanto, que se plasmídeo (circular) o DNA não é cortado, ele se tornará "superenrolado" ou torcido como um fio de telefone, o que fará com que ele viaje mais do que o DNA linear do mesmo tamanho.
Da mesma forma, um plasmídeo "cortado" que foi cortado de forma incompleta irá percorrer um mais curta distância do que o DNA linear do mesmo tamanho. Consequentemente, você não pode estimar o tamanho dos plasmídeos não cortados do seu gel.
Compare as bandas em cada pista com a identidade da amostra carregada naquela pista e determine se o que você vê é o que você esperava. Isso dependerá da natureza do seu experimento.
Em geral, no entanto, se você digeriu um plasmídeo de inserção com duas enzimas de restrição, você esperaria que a inserção fosse liberada do plasmídeo.
Como ele é muito menor do que o plasmídeo, você esperaria ver duas bandas nessa faixa, uma perto do topo e outra abaixo perto da parte inferior. Um plasmídeo cortado com apenas uma enzima de restrição deve formar apenas uma única banda que viaja um pouco mais longe do que o plasmídeo cortado com dois Enzimas de restrição, mas nem de longe tão longe quanto a inserção.
Meça a distância dos poços ao plasmídeo cortado e insira as bandas com a régua. Divida esses números pela distância percorrida pelo corante de rastreamento para encontrar a mobilidade relativa das inserções e plasmídeos cortados.
