As bactérias heterotróficas neutrofílicas e acidofílicas constituem a maioria das espécies de bactérias. Os termos "neutrofílico" e "acidofílico" referem-se ao nível ótimo de pH das espécies bacterianas - uma medida da acidez ou basicidade de uma substância. Por exemplo, o vinagre é considerado ácido e o bicarbonato de sódio como base. A escala de pH varia de 0 a 14, com 7, o pH da água pura, bem no meio.
Heterotróficos neutrofílicos
A maioria das bactérias, neutrófilos, vive no solo ou na água e cresce melhor em um pH neutro entre 6 e 8. Se o pH variar muito fora dessa faixa, as bactérias neutrofílicas não sobreviverão. A maioria das bactérias que causam doenças em humanos também são heterótrofos neutrofílicos, adequados para sobreviver dentro do corpo humano.
Heterotróficos acidofílicos
Bactérias acidofílicas crescem melhor em níveis de pH mais baixos, geralmente abaixo de 6, pois possuem mecanismos biológicos que permitem manter seu pH interno próximo da neutralidade. A drenagem ácida da mina - o escoamento contaminado e altamente ácido das áreas de mineração - contém uma grande população de acidófilos que oxidam o sulfeto encontrado nos minérios metálicos. De acordo com o Science Education Resource Center do Carleton College, o acidófilo Ferroplasma encontrado na drenagem ácida de minas exibia níveis de pH tão baixos quanto zero.
Heterotróficos obrigatoriamente acidofílicos
Obrigar acidófilos requer um baixo pH, abaixo de 4 ou 5, para sobreviver. A membrana celular de acidófilos obrigatórios na verdade se dissolve em níveis de pH neutros, causando a morte celular. Muitos acidófilos obrigatórios também são termófilos - organismos que crescem melhor em altas temperaturas - e comumente encontrados em solos vulcânicos. Thiobacillus ferrooxidans provavelmente se classifica como a bactéria acidofílica oxidante de ferro mais frequentemente estudada.