A eletroforese em gel é uma técnica que permite que o DNA seja analisado no nível de suas moléculas constituintes. Neste método de visualização de DNA, as amostras são colocadas em um meio de gel de agarose e um campo elétrico é aplicado ao gel. Isso faz com que fragmentos de DNA migrem através do gel em taxas diferentes de acordo com suas propriedades eletroquímicas.
Brometo de etídio
Para esta técnica de visualização, o brometo de etídio é misturado com pó de agarose, tampão EDTA e água para formar a matriz de gel antes da eletroforese. Como resultado, as moléculas de brometo de etídio ficam uniformemente dispersas por toda a matriz. Uma vez que os poços do gel foram preenchidos com suas respectivas amostras de DNA e corantes de rastreamento, a voltagem é aplicada para desenhar lentamente os grandes compostos polares através da matriz.
Durante esse movimento, as bases das moléculas de DNA se ligam temporariamente às partículas graças à carga de brometo de etídio, arrastando-as. No momento em que a eletroforese em gel está completa, cada molécula de DNA coletou uma quantidade significativa de brometo de etídio.
Na presença de luz ultravioleta, o brometo de etídio exibe fluorescência. Os técnicos iluminam o gel com uma luz ultravioleta especialmente calibrada, enquanto uma máquina captura a imagem dos fragmentos brilhantes.
Azul de Metileno
Se um transiluminador UV não estiver disponível ou não for prático, os técnicos podem tornar o DNA visível em condições normais embebendo o gel de agarose acabado, com o DNA eletroforesizado dentro, em uma solução de azul de metileno durante a noite.
Um sal de cloreto com um ânion significativamente hidrofóbico, as moléculas de azul de metileno penetram em toda a matriz de gel. No entanto, a ligação de hidrogênio em todo o DNA faz com que as moléculas de mancha se acumulem. Essa densidade aumentada de coloração de DNA produz um tom de azul mais profundo, visível a olho nu.
Tracking Dyes
Além do tamanho relativo das bandas de DNA, os técnicos podem medir o tamanho absoluto (em pares de bases) de cada fragmento usando produtos químicos chamados corantes de rastreamento. Visível sem a adição de azul de metileno ou brometo de etídio, os corantes de rastreamento, como o azul de bromofenol e o cianol de xileno, se movem através do matrizes de gel de aragose durante a eletroforese na mesma velocidade que fragmentos de DNA consistindo em 300 nucleotídeos e 4.000 nucleotídeos, respectivamente. Na eletroforese, fragmentos de DNA mais massivos viajam pela matriz de gel a uma velocidade mais lenta do que fragmentos menores. Portanto, embora os corantes de rastreamento não influenciem diretamente a visibilidade dos fragmentos de DNA, comparando a posição de um fragmento de DNA no gel para a posição desses corantes permitem que os técnicos "vejam" o número aproximado de nucleotídeos do fragmento de DNA contém.