Ambientes de água doce e marinhos marcam uma ruptura primária nos ecossistemas aquáticos; os ambientes marinhos contêm um alto nível de salinidade (concentração de sal), enquanto as áreas de água doce geralmente contêm menos de 1%. Ecossistemas de água doce incluem lagoas e lagos, bem como rios e riachos. Os ecossistemas marinhos incluem oceanos e recifes de coral.
Lagoas e lagos
Lagoas e lagos são corpos d'água relativamente estáticos, com pouca ou nenhuma corrente, geralmente isolados de outros corpos d'água, como rios e oceanos. Eles são divididos em três zonas distintas: litorânea, limnética e profunda. A zona litorânea constitui aquela que está mais próxima da costa. Com alta exposição à luz solar e águas rasas, esta é geralmente a área com maior diversidade biológica em um determinado lago ou lagoa, abrigando várias espécies de anfíbios, pássaros aquáticos, crustáceos, insetos, peixes e algas, bem como flutuantes e enraizados plantas. A zona limnética compreende a área de um lago / lagoa que está mais longe da costa, mas mais próxima da superfície da água. Esta área é menos diversa do que a zona litorânea, mas mais profunda do que a zona profunda devido ao seu alto nível de exposição ao sol. A zona profunda compreende a área mais profunda de uma lagoa ou lago. A vida profunda é quase exclusivamente dominada por bactérias em decomposição e plâncton.
Rios e córregos
Rios e riachos são corpos d'água em movimento que fluem de uma fonte, como uma nascente ou degelo geleira, a uma foz, que poderia ser em um oceano, um riacho ou rio maior ou algum outro tipo de reservatório. À medida que a água vai da fonte à foz, o ambiente do ecossistema muda drasticamente. A nascente de um riacho ou rio tem o mais alto nível de pureza e conteúdo de oxigênio. Ao longo de seu caminho, a água corrente acumula detritos em sua corrente; quando a água chega à boca, ela se torna turva. Como resultado, pouca luz solar penetra na superfície e a vida vegetal é escassa. Espécies de peixes como o bagre prosperam nessas áreas, capazes de sobreviver em condições de baixo oxigênio.
Oceanos
Os oceanos são alguns dos ecossistemas mais diversos e geograficamente extensos do planeta. Os ecossistemas oceânicos são divididos em quatro zonas: intertidal, pelágica, bentônica e abissal. A zona entremarés compreende as regiões onde as águas do oceano encontram a terra. Esta zona é muito dinâmica devido à ação constante das marés. Como regra geral, a diversidade de espécies é maior nas zonas intertidais que, na maioria das vezes, ficam submersas pela água. Semelhante à zona limnética em lagos, a zona pelágica compreende o oceano aberto longe da costa, porém mais perto da superfície da água. Uma variedade de peixes, plantas aquáticas e mamíferos maiores habitam esta região. As zonas bentônica e abissal compreendem as regiões de segunda e mais profundas do oceano, respectivamente. Devido à extrema pressão, escuridão e temperaturas frias, essas zonas abrigam formas de vida muito diferentes. Para sobreviver à completa falta de luz solar, as plantas e bactérias da zona abissal coletam energia química de fontes térmicas sob a superfície do fundo do oceano.
Recifes de coral
Ecossistemas de recifes de coral estão situados no oceano; mas, devido à sua composição física e biológica, são muito distintos de outros ecossistemas marinhos. Os recifes de coral se formam em águas rasas com temperaturas quentes. Muitos desses ecossistemas se formaram ao longo das costas dos continentes. Embora possa parecer uma rocha enorme, um recife de coral na verdade consiste em colônias de animais vivos que se fixam em uma casca dura de carbonato de cálcio. Essas colônias têm uma relação simbiótica com as zooxantelas, um tipo de alga que tanto vive em seu interior quanto fornece alimento para os corais. Embora abranjam uma área relativamente pequena, os recifes de coral são alguns dos ecossistemas com maior diversidade biológica na Terra. Uma imensa variedade de esponjas, crustáceos, anêmonas do mar, peixes, algas, plantas aquáticas e insetos vivem exclusivamente em ecossistemas de recifes de coral.