Naukowcy wykorzystują cytometrię przepływową do rozróżniania różnych typów komórek lub mikroskopijnych organizmów. Jest to narzędzie wykorzystywane w wielu aplikacjach, takich jak diagnostyka medyczna czy patologia sądowa. Chociaż ta eksperymentalna technika jest dość łatwa do wykonania, analiza otrzymanych złożonych danych przez cytometr przepływowy jest trudniejsze ze względu na wiele czynników eksperymentalnych i/lub cytometr parametry. W związku z tym rutynowe jest wizualizowanie i analizowanie danych cytometrycznych za pomocą zaawansowanych profesjonalnych programów, takich jak CELLQuest lub FlowJo. Znajomość technik cytometrii przepływowej, maszyn i oprogramowania jest niezbędna do zrozumienia uzyskanych przez nie wyników eksperymenty.
Wyjaśnij cel eksperymentu, pytając: „Jakie pytanie lub hipoteza była badana?” To będzie wymagane dostosowanie surowych wyników do odpowiedniego formatu i ustawień do dalszej analizy przy użyciu cytometrii statystycznej oprogramowanie. Wprowadź wszelkie niezbędne zmiany, aby dane były wyświetlane z odpowiednimi ustawieniami (np. komórki dodatnie, bramki ujemne, intensywność fluorescencji, populacje komórek itp.).
Znajdź bramy. Komórki można grupować lub po prostu obserwować w skupieniach na wykresie gęstości lub diagramie konturowym. Grupy często rozdzielają się w zależności od swojej tożsamości. Jeżeli jedna grupa barwi się bardzo intensywnie pod kątem określonego markera lub przeciwciała, stwierdza się, że wszyscy członkowie tej grupy mają identyczność określonego typu komórki, która wyraża ten marker. Powszechne jest znajdowanie komórek, które są dodatnie dla więcej niż jednego z tych markerów, a komórki te są zwykle pośrednimi i oznaczane jako „podwójnie dodatnie”.
Spójrz na wykresy punktowe. Sposób, w jaki grupy komórek rozkładają się na wykresie punktowym, wskazuje na rozmiar komórek. Komórki z bardzo dużymi lub wysokimi rozpraszaniami są zazwyczaj dużymi komórkami; jednak mogą być duże po prostu dlatego, że zawierają dużą część cytoplazmy, lub mogą być wysokie, ponieważ mają bardzo duże jądro. W zależności od badanej biologii będzie to oczywiście znacznie różnić się między eksperymentami.
Spójrz na liczby. Dostosuj wykresy, aby wyświetlać różne parametry na jednej osi (zwykle na osi X), zachowując jednocześnie zliczenia na osi Y. Wskazuje to, jaki odsetek populacji próby jest pozytywny dla tego konkretnego parametru, jako a pik będzie zwykle obserwowany w próbce wybarwionej dodatnio, której nie będzie w kontroli ujemnej próba.
Spójrz na histogramy wieloparametrowe. Dostosowując oś X i oś Y do każdego reprezentują inny parametr, który był badane podczas eksperymentu, możliwe jest głębsze zrozumienie właściwości próbki. Na przykład, ustawiając oś X na czerwoną fluorescencję, a oś Y na zieloną fluorescencję, można obliczyć bramki w stylu kwadrantu dla próbka, aby pokazać cztery regiony ćwiartki, w których obecne są komórki i wybarwione na czerwoną lub zieloną fluorescencję, oba kolory lub brak w wszystko. Pozwala to na podzielenie niejednorodnej próbki na jej części składowe oraz na wizualizację i ocenę ilościową wszelkich nakładających się jednostek.
Bibliografia
- „Analiza danych cytometrii przepływowej”; Susan Sharrow; 1991
- „Cytometria przepływowa: oprzyrządowanie i analiza danych”; Marvin Van Dila; 1985
- „Protokoły cytometrii przepływowej”; Teresa i Robert Hawley; 2004
o autorze
Palmer Owyoung posiada tytuł magistra w dziedzinie biznesu międzynarodowego na Uniwersytecie Kalifornijskim w San Diego oraz and Bachelor of Arts z socjologii na Uniwersytecie Kalifornijskim w Santa Barbara i jest wyszkolonym molekularnym biolog. Od 2006 roku jest niezależnym pisarzem. Oprócz pisania jest pełnoetatowym traderem Forex i marketerem internetowym.
Kredyty fotograficzne
Polka Dot RF/Polka Dot/Getty Images