W XIX wieku taksonomia – klasyfikacja żywych organizmów – była modna w biologii. Zarówno amatorzy, jak i profesjonalni przyrodnicy byli tak pochłonięci szaleństwem zbierania i identyfikowania stworzeń, że rzadkie chrząszcze były gorącym towarem. W tamtym czasie niewiele było wiadomo o mikroorganizmach i ich miejscu w świecie żywych organizmów, a klasyfikacja mikrobiologii nie poświęciła tyle uwagi. W minionych dziesięcioleciach nastąpił dramatyczny wzrost wiedzy o drobnoustrojach i metodach identyfikacja drobnoustrojów, przy czym część tego wzrostu wykazała skuteczna klasyfikacja mikroorganizmy.
Składniki taksonomii
Taksonomia składa się z trzech elementów: nazewnictwa, klasyfikacji i identyfikacji. Nomenklatura to po prostu przypisanie nazwy do gatunku. Klasyfikacja polega na grupowaniu gatunków według wspólnych cech - niektóre z nich są fizyczne, a niektóre biochemiczne. Identyfikacja polega na wykorzystaniu cech organizmu w celu określenia jego przynależności w schemacie klasyfikacji. Współczesny schemat taksonomiczny ma największą, najbardziej inkluzywną grupę domen. Najmniejsza grupa to gatunek. Od najbardziej inkluzywnego do najbardziej szczegółowego, poziomy przebiegają tak: domena, królestwo, gromada, klasa, porządek, rodzina, rodzaj i gatunek. Ty na przykład jesteś Eukarya Animalia Chordata Mammalia Primate Hominidae Homo sapiens.
Mikroorganizmy i Domeny
Mikroorganizmy są niezwykle różnorodne. Nie są one definiowane przez żaden szczególny rodzaj struktury lub funkcji, ale po prostu przez ich rozmiar. Mikroorganizmy są tak zróżnicowane, że mieszczą się we wszystkich trzech różnych klasyfikacjach najwyższego poziomu – we wszystkich trzech domenach. Jedna domena to bakterie, druga to archeony, a ostatnia to eukaria. Wszyscy członkowie domen bakterii i archeonów są mikroorganizmami jednokomórkowymi. Obie są komórkami bez błon oddzielających ich materiał genetyczny od reszty komórki -- błon definiujących jądro. Tak więc wszystkie królestwa, typy, klasy, rzędy, rodziny, rodzaje i gatunki w domenach bakterii i archeonów są mikroorganizmami.
Jednokomórkowe protisty
Eukarya to organizmy, których komórki zawierają jądro. Wiele organizmów eukariotycznych to mikroorganizmy jednokomórkowe, ale wiele innych – takich jak sekwoja lub ty – nie. Potrzebne są więc dodatkowe klasyfikacje. Królestwo Protista w domenie Eukarya składa się wyłącznie z mikroorganizmów jednokomórkowych. Protisty są podzielone na trzy różne typy: cztery różne typy glonów, cztery różne typy pierwotniaków i dwie różne typy pleśni. Ale wszystkie organizmy w tych typach – wszystkie w królestwie Protista – to mikroorganizmy.
Mikroskopijne grzyby
Królestwo Grzybów zawarte jest w domenie Eukarii. Niektóre typy w obrębie grzybów zawierają mikroorganizmy. Na przykład, typ Zygomycota zawiera mikroskopijne pleśnie chlebowe, a typ Ascomycota zawiera drożdże oraz drobnoustrojowe szkodniki upraw i pasożyty. Porosty to symbiotyczne połączenie grzyba i organizmu fotosyntetycznego – zawarte częściowo w królestwie Grzybów, a częściowo w innych królestwach, a nawet innych domenach.