Być może najważniejszym sposobem, w jaki zarodniki pleśni różnią się od endospor bakteryjnych, jest to, że pleśnie są klasyfikowane jako tak zwane wyższe grzyby. Jako takie charakteryzują się tym, co biolodzy nazywają typem komórki eukariotycznej. Z drugiej strony, endospory bakteryjne tworzą się z bakterii, które jako grupa są sklasyfikowane jako mające typ komórek prokariotycznych. Różnica między komórką prokariotyczną a komórką eukariotyczną jest fundamentalna w biologii. Mówiąc najprościej, komórka bakteryjna jest strukturalnie znacznie prostsza.
Komórka eukariotyczna – podobnie jak te w zarodnikach pleśni – jest pełna kompleksu struktur komórkowych zwanych organellami. Organelle pełnią wszystkie funkcje komórkowe, a jedną z najbardziej widocznych organelli jest jądro. Jądro komórki eukariotycznej zarodników pleśni zawiera DNA, które umożliwia komórce funkcjonowanie i reprodukcję. Jest to w przeciwieństwie do przetrwalników bakteryjnych, w których DNA jest mniej lub bardziej wolny w cytoplazmie komórki.
Oprócz jądra komórka zarodnika pleśni eukariotycznej zawiera takie organelle, jak retikulum endoplazmatyczne lub ER. ER jest zasadniczo jak labirynt pofałdowanych błon, w którym zachodzi wiele procesów biochemicznych niezbędnych dla komórki. W zarodnikach pleśni ER jest połączony z otoczką jądrową, błoną otaczającą jądro komórkowe. W endosporach bakteryjnych brak tego układu.
Przetrwalniki bakteryjne nie wykazują praktycznie żadnego poziomu wyrafinowania komórkowego obecnego w zarodnikach pleśni eukariotycznych. Inną różnicą między endosporami bakteryjnymi a zarodnikami pleśni – poza ich fundamentalną różnicą w typach komórek – jest rola, jaką odgrywają w historii życia swoich organizmów. Endospora bakteryjna to odporna struktura, która tworzy się w komórce bakterii. W przeciwieństwie do zarodników pleśni, endospory bakteryjne są specjalnie przystosowane do odporności na niekorzystne warunki środowiskowe. Kluczową cechą endospor bakterii jest związek zwany kwasem dipikolinowym. Związek ten, choć nie występuje powszechnie w zarodnikach pleśni, odgrywa zasadniczą rolę w pośredniczeniu w odporności przetrwalników bakterii na niekorzystne warunki środowiskowe.
Istnieje wiele innych różnic między endosporami bakterii a zarodnikami pleśni. Większość z nich ma ponownie związek z fundamentalnym rozróżnieniem między komórką eukariotyczną a prokariotyczną. Wiele innych organelli oprócz tych już opisanych jest obecnych w zarodnikach pleśni, ale nieobecnych w endosporach bakteryjnych. Należą do nich struktura zwana aparatem Golgiego i inne, takie jak tak zwane jąderko. Jąderko jest strukturą w jądrze komórek eukariotycznych i jest aktywne w syntezie białek, krytycznej dla funkcji komórki. Przetrwalniki bakteryjne pełnią wiele takich samych podstawowych funkcji życiowych jak zarodniki pleśni, ale robią to bez korzyści wyrafinowanych organelli występujących w zarodnikach pleśni.