Większość gatunków bakterii stanowią bakterie neutrofilne i kwasolubne heterotroficzne. Terminy „neutrofilny” i „kwasowy” odnoszą się do optymalnego poziomu pH gatunku bakterii – miara kwasowości lub zasadowości substancji. Na przykład ocet jest kwaśny, a soda oczyszczona jako baza. Skala pH waha się od 0 do 14, z 7, pH czystej wody, dokładnie pośrodku.
Heterotrofy neutrofilowe
Większość bakterii, neutrofili, żyje w glebie lub wodzie i najlepiej rozwija się w neutralnym pH między 6 a 8. Jeśli pH zmienia się zbyt daleko poza ten zakres, bakterie neutrofilowe nie mogą przetrwać. Większość bakterii wywołujących choroby u ludzi to również heterotrofy neutrofilowe, dobrze przystosowane do przetrwania w ludzkim ciele.
Heterotrofy kwasolubne
Bakterie acidofilne rosną lepiej przy niższych poziomach pH, zwykle poniżej pH 6, ponieważ mają mechanizmy biologiczne, które umożliwiają im utrzymywanie wewnętrznego pH w pobliżu obojętnego. Kwaśne odwadnianie kopalni - zanieczyszczone, silnie kwaśne spływy z obszarów górniczych - zawiera dużą populację acidofili, które utleniają siarczki znajdujące się w rudach metali. Według Science Education Resource Center w Carleton College, kwasofilowa ferroplazma znaleziona w kwaśnym drenażu kopalni wykazywała pH tak niskie, jak zero.
Heterotrofy bezwzględnie kwasolubne
Zobowiązujące kwasofile wymagają niskiego pH, poniżej 4 lub 5, aby przetrwać. Błona komórkowa bezwzględnych kwasofilów faktycznie rozpuszcza się przy neutralnym poziomie pH, powodując śmierć komórki. Wiele obligatoryjnych kwasofilów jest również termofilami – organizmami, które najlepiej rosną w wysokich temperaturach – i są powszechnie spotykane w glebach wulkanicznych. Thiobacillus ferrooxidans jest prawdopodobnie najczęściej badaną kwasolubną bakterią utleniającą żelazo.