Ekosystem Florida Keys składa się z różnorodnych siedlisk, w tym lasów namorzynowych, raf koralowych i sosnowych, które są bogate w unikalne gatunki. Ludzie również są częścią ekosystemu, a ich działalność wpływa na wszystkie siedliska oraz zamieszkujące je zwierzęta i rośliny. Ekosystem Keys składa się z niewielkiego obszaru ziemi, dlatego wpływ działalności człowieka jest spotęgowany. Skutki obejmują zanieczyszczenie wody, zwiększoną liczbę gatunków inwazyjnych, przełowienie, negatywne skutki żeglarstwa i rozwoju miast oraz globalną zmianę klimatu.
Populacja ludzka obszaru znanego jako Southeast Florida lub Florida Keys wzrosła o ponad 3,9 miliona od 1970 do 2008 roku. Gaje pomarańczowe ustąpiły miejsca osiedlom mieszkaniowym, pasażom handlowym, przemysłowi i autostradom. Zmiany te spowodowały zniszczenie naturalnych siedlisk. Ponadto wzrosło zanieczyszczenie wody spowodowane oczyszczaniem ścieków i przepełnieniem septycznym oraz spływaniem wody deszczowej zawierającej olej, pestycydy i metale ciężkie.
W 2010 roku Keys odwiedziło 3,8 miliona osób. Wielu z tych gości angażowało się w takie działania, jak wędkarstwo. Oprócz turystów i mieszkańców zajmujących się tymi zajęciami rekreacyjnymi, rybołówstwo komercyjne jest dużym przemysłem na tym obszarze. Przełowienie wyczerpało gatunki w ekosystemie Keys, pozostawiając mniejsze ryby i zmieniając interakcje złożonej sieci pokarmowej.
Pływanie łódką w tym obszarze doprowadziło nie tylko do bezpośrednich obrażeń manatów spowodowanych przez śmigła, ale śmigła spowodowały również blizny na dużych obszarach trawy morskiej. Łodzie opadają na mieliznę i uszkadzają rafy koralowe, gdy kotwice przedzierają się przez te delikatne formacje. Każdego roku w Keys dochodzi do ponad 500 uziemień. Niszczy to siedlisko i negatywnie wpływa na cały łańcuch pokarmowy, prowadząc do dalszej utraty gatunków.
Gdy ludzie przemieszczają się, przynoszą ze sobą gatunki z innych obszarów, które mogą zostać uwolnione do ekosystemu. Gatunki te mogą zadomowić się, a ponieważ nie mają drapieżników, odnosić sukcesy, wyprzedzając gatunki rodzime i zmieniając dynamikę całego ekosystemu. Inwazyjne zwierzęta i rośliny w Florida Keys obejmują skrzydlice i trawę morską. Oprócz tych wszystkich lokalnych bezpośrednich i pośrednich oddziaływań, przewiduje się, że skutki globalnego ocieplenia będą podgrzewać wody w obszar o 4 do 10 stopni Fahrenheita i podniesienie poziomu mórz, prawdopodobnie powodując zmiany, które są zbyt szybkie, aby ekosystem mógł naprawic.