Podstawowym skutkiem niszczenia siedlisk jest zmniejszenie bioróżnorodności, która odnosi się do różnorodności i liczebności różnych gatunków zwierząt i roślin w określonym środowisku. Kiedy zwierzę traci naturalny dom lub siedlisko, którego potrzebuje do przetrwania, jego liczebność gwałtownie spada i zbliża się do wyginięcia. Szacuje się, że 14 000 do 35 000 gatunków jest zagrożonych wyginięciem, a niszczenie siedlisk jest jedną z głównych przyczyn.
Zapylanie i dyspersja nasion
Zarówno rośliny dzikie, jak i rolnicze wymagają zapylenia do reprodukcji. Owoce i warzywa, kluczowe składniki diety człowieka, zależą od pszczół i innych owadów, które przenoszą pyłek z kwiatka na kwiatek. Gdy zniszczenie siedliska zmniejsza odmiany tych zapylaczy, spadają również plony. Na przykład pszczoły bezżądłe w Kostaryce, które gniazdują tylko w lasach, zwiększają plony na plantacjach kawy położonych w pobliżu leśnych płatów o 20 procent. Wiele roślin do rozsiewania nasion wykorzystuje zwierzęta, zwłaszcza te, które jedzą owoce. Niszczenie siedliska zwierząt tego typu może poważnie wpłynąć na zależne od nich gatunki roślin.
Regulacje klimatyczne
Bioróżnorodność wpływa na klimat głównie poprzez regulację ilości dwutlenku węgla w atmosferze. Niszczenie siedlisk leśnych zmniejsza zdolność lasów do pochłaniania dwutlenku węgla. Tempo wzrostu i zdrewniałość rośliny determinuje tempo obrotu w niej węgla. Wzory krajobrazu są również ważne, ponieważ sekwestracja węgla jest zmniejszona na obrzeżach fragmentów lasu. Ekosystemy morskie odgrywają również istotną rolę w sekwestracji dwutlenku węgla.
Zwalczanie szkodników i chorób
Szkodniki często atakują określone rodzaje roślin. Kiedy siedliska są niszczone, a różnorodność roślin zmniejszona, środowisko zawiera więcej określonego rodzaju roślin. Ułatwia to rozprzestrzenianie się szkodników. Różnorodność roślin zapewnia siedliska większej różnorodności owadów i innych zwierząt oraz naturalnych wrogów szkodników. Choroby grzybowe roślin są bardziej dotkliwe na obszarach monokulturowych, na których uprawiany jest jeden rodzaj uprawy.
Efekty pośrednie
Produkcja żywności, odzieży i schronienia dla ludzi zależy na wiele pośrednich sposobów od bioróżnorodności ekosystemów. Duża różnorodność upraw rolnych chroni rolników przed nieurodzajem. Zniszczenie siedlisk i zmniejszenie różnorodności gatunków może sprawić, że ekosystemy staną się bardziej podatne na gatunki inwazyjne i pośrednio wpłynąć na zdrowie i dobrostan ludzi. Wpływ gatunków inwazyjnych ilustruje to, co się stało, gdy basy zostały wprowadzone do jeziora Gatun w Panamie. Obecność basu spowodowała zmniejszenie liczby drapieżników larw komarów oraz wzrost zachorowalności na malarię.
