Rzeka Missisipi jest domem dla wielu roślin i zwierząt wodnych w złożonym, połączonym ekosystemie. Rośliny wodne zapewniają pożywienie i schronienie wielu różnym gatunkom w rzece i mogą być tak małe jak glony jednokomórkowe. Na rzece Missisipi występuje wiele zwierząt, od bezkręgowców po ryby, żaby i inne.
Glony
Według Departamentu Zasobów Naturalnych stanu Iowa, Missisipi jest gospodarzem dwóch głównych rodzajów glonów: zielonych i niebiesko-zielonych. Zielone algi są podstawowym biologicznym składnikiem każdego zdrowego ekosystemu; tworzą duże kolonie, które mogą nadać wodzie zielonkawy odcień. Sinice są mniej pożądane i są uważane za glony uciążliwe. Są one związane ze obciążonymi ekosystemami i mogą powodować nieprzyjemny smak ryb lub zabijać całe populacje.
Rzęsa
Ta pospolita, swobodnie pływająca roślina ma pojedynczy, maleńki liść i korzenie, które zwisają w wodzie, aby wysysać składniki odżywcze. Jak wskazuje jej nazwa, rzęsa jest ważnym źródłem pożywienia dla wielu ptactwa wodnego.
Lilie wodne
Białe lilie wodne są powszechnym miejscem w rzece Missisipi i składają się z dużych, pływających liści o skórzastej fakturze. Wytwarzają duże białe kwiaty na wierzchołkach liści i są zakorzenione w błocie poniżej.
Rak
Nazywane również rakami lub raczkami, skorupiaki te przypominają małe homary. Żyją głównie przy dnie i zjadają resztki innych zwierząt, padlinę i drobne zwierzęta. W rzece Missisipi żyją zarówno rodzime, jak i inwazyjne raki.
Kocia ryba
Sumy kanałowe są częstym widokiem w rzece Missisipi. Są najliczniejszym rodzajem sumów. Ryby te mogą osiągać zaskakujące rozmiary i przyklejać się przede wszystkim do dna rzeki. Charakteryzują się tendencją do uderzania w różne rodzaje przynęt, ale powinny być rzadko spożywane ze względu na niebezpieczeństwo zanieczyszczenia PCB (polichlorowanego bifenylu).
Lampart żaba
Te żaby cętkowane są również nazywane żabami łąkowymi. Mieszkają w okolicach rzeki Missisipi. Często służą jako gatunek wskaźnikowy środowiskowy ze względu na ich podatność na zanieczyszczenia i zanieczyszczenia. Większość czasu spędzają nad brzegami strumieni i innych zbiorników wodnych, żywiąc się głównie owadami, stawonogami i innymi bezkręgowcami.