Filipiny to kraj bogaty w bioróżnorodność i endemizm, z wieloma zasobami naturalnymi, które przyczyniają się do rozwoju gospodarki i lokalnych społeczności. Linie brzegowe i siedliska przybrzeżne mają szczególne znaczenie, a rybołówstwo, rolnictwo i przemysł są zależne od dróg wodnych i środowiska morskiego kraju. Zagrożenia dla utraty siedlisk i różnorodności biologicznej wynikają z różnych praktyk, w tym oczyszczania gruntów, niezrównoważonych połowów i zanieczyszczenia.
Utrata pokrywy leśnej
W latach 2000-2005 Filipiny traciły nieco ponad 2% powierzchni lasów rocznie. Był to drugi najwyższy wskaźnik w Azji Południowo-Wschodniej. Według stanu na 2005 r. uważano, że pozostało tylko 3% lasu pierwotnego. Szybkie wylesianie powoduje różne zagrożenia dla ekosystemu, w tym utratę bioróżnorodności, erozję gleby, powodzie, osuwiska i obniżoną jakość wody. Lasy są zagrożone komercyjnym wydobyciem i wyrębem.
Degradacja raf koralowych
Filipiny są światowym centrum bioróżnorodności morskiej linii brzegowej. Nielegalne pozyskiwanie i eksport koralowców i żywych ryb rafowych spowodowało znaczący szkodliwy wpływ na bioróżnorodność, stan raf koralowych, pokrycie trawą morską i liczebność ryb. Tylko 5% raf zachowuje ponad 75% żywej pokrywy koralowej. Niszczące praktyki połowowe obejmują przełowienie, połowy włokiem, połów dynamitem i połów cyjanku, gdzie cyjanek jest rozpuszczany w wodzie i wtłaczany do raf, podczas gdy inne zagrożenia pochodzą z zanieczyszczeń i erozja.
Zagrożenia dla lasów namorzynowych
Zagrożenia dla namorzynów obejmują nadmierne zbiory, zanieczyszczenia i oczyszczanie gruntów pod rolnictwo i osadnictwo ludzkie. Hodowla krewetek powoduje prawie nieodwracalne i kosztowne ekonomicznie szkody na tym obszarze, co jest tym bardziej niepokojące, że hodowle krewetek stają się nieopłacalne już po trzech do pięciu lat. Zniszczenie namorzynów wiąże się również z degradacją raf koralowych, ponieważ rafy chronią namorzyny przed silnymi falami i prądami, które zmywają drobny osad, na którym rosną namorzyny.
Utrata bioróżnorodności
Filipiny są uważane za kraj o dużej bioróżnorodności. Posiada wiele unikalnej flory i fauny; w rzeczywistości prawie połowa kręgowców lądowych i do 60 procent roślin naczyniowych jest unikalnych dla kraju. Tempo utraty różnorodności biologicznej znajduje odzwierciedlenie w niektórych szokujących ustaleniach. W 2006 r. nieco ponad 20 procent gatunków kręgowców zostało ocenionych jako zagrożone przez Międzynarodową Unię Ochrony Przyrody. Około 127 gatunków ptaków uważa się za zagrożone, a rodzima filipińska kakadu, niegdyś szeroko rozpowszechniona, jest obecnie krytycznie zagrożona.