Chociaż siły natury mogą zniszczyć lub wyniszczyć populację zwierząt, coraz częściej działalność człowieka powoduje zagrożenie dla dużej liczby zwierząt. Trzeba przyznać, że niektóre zwierzęta i rośliny, zwłaszcza udomowione, takie jak rośliny uprawne, bydło i zwierzęta domowe, odniosły korzyści, a nawet rozkwitły na zmianach, jakich człowiek dokonał w świecie. Jednak niektóre populacje zwierząt znalazły się pod ogromną presją w wyniku tych zmian, aw niektórych przypadkach populacje spadają do znacznie niższych poziomów. Małe populacje lub organizmy o ograniczonej dystrybucji są niezwykle wrażliwe na czynniki powodujące zagrożenie, niezależnie od tego, czy opieramy się na zwykłym znaczeniu tego słowa, czy na definicji zagrożonych gatunków zawartej w prawo federalne.
Utrata siedlisk
Jedną z najważniejszych przyczyn zagrożonych zwierząt jest utrata siedlisk. Chociaż siedliska mogą zostać utracone z powodu sił naturalnych (zmiany klimatyczne, zmiany geologiczne), większość utraconych obecnie siedlisk wynika z działalności człowieka. Budowa tam, autostrad, kanałów, urbanizacja i rolnictwo dramatycznie wpływają na mieszkańców rodzimych ekosystemów. Nawet jeśli fragmenty ekosystemu pozostają nienaruszone, tworząc „wyspy”, powstałe siedlisko może być zbyt małe lub zbyt szeroko rozproszone, aby wspierać gatunek.
Gatunki inwazyjne
Gatunki inwazyjne są jednym z kluczowych biotycznych powodów zagrożenia zwierząt. Wiele gatunków przybywających do nowego ekosystemu jest źle przystosowanych i szybko wymiera. Jednak niektóre gatunki są w stanie eksploatować ekosystem ze szkodą dla organizmów rodzimych. Wprowadzenie gatunków inwazyjnych ma znaczny wpływ na małe ekosystemy, takie jak te na wyspach, ale nawet rodzime populacje kontynentalne i oceaniczne mogą zostać zniszczone w wyniku konkurencji lub drapieżnictwa przez by najeźdźca.
Nadmierna eksploatacja zasobów
Przełowienie określonego gatunku ryb jest oczywistą i bezpośrednią przyczyną zagrożenia zwierzęcia. Ale inne organizmy w ekosystemie mogą również ucierpieć (lub skorzystać) na skutek nadmiernej eksploatacji określonego gatunku.. Na przykład obawa, że wydra morska kalifornijska niszczy populację słuchotek, doprowadziła do tego masowe zabijanie wydr morskich, zmieniając równowagę biotycznej konkurencji między kilkoma organizmy. Zmniejszenie liczby wydr morskich doprowadziło do eksplozji populacji jeżowców, które pasły się na postach wodorostów. Gdy wodorosty oderwały się od dna i wypłynęły na brzeg, organizmy zależne od lasów wodorostów znalazły się pod zwiększonym obciążeniem.
Patogeny i choroby
Rozprzestrzenianie się udomowionych zwierząt rozprzestrzeniło również związane z nimi choroby na nowe obszary świata. W niektórych przypadkach choroby zarażały rodzime populacje, które miały niewielką odporność na inwazyjny patogen. Choroby te mogą osiągnąć poziom epidemii w rodzimej populacji, dziesiątkując ich liczebność.
Zanieczyszczenie środowiska
Zanieczyszczenia w wielu formach zagrażają wielu zwierzętom. Pestycydy i inne chemikalia wprowadzone do ekosystemu mogą znacząco zaszkodzić gatunkom nie docelowym. Na przykład DDT używany do zwalczania komarów został ostatecznie powiązany ze spadkiem wskaźnika reprodukcji ptaków. Inne formy zanieczyszczenia, takie jak zanieczyszczenie termiczne, świetlne i hałasowe, mogą zmniejszyć wskaźniki przeżywalności lokalnych populacji zwierząt.