Mikroskoper har blitt brukt i mange forskjellige felt for å observere små eksemplarer. Det finnes forskjellige typer mikroskoper, hver med sine egne metoder for å se forskjellige aspekter av en gitt prøve. De fleste mikroskoper har et sett med objektivlinser og et okularobjektiv som gjør det mulig å se et forstørret bilde. Et kamera kan også legges til i mange av mikroskopene for å ta bilder for å analysere senere. Undervisningsmikroskop har vanligvis to sett med okularer, slik at en annen person kan se det samme bildet som personen som betjener apparatet.
Forbindelse
Det rimeligste og vanligste mikroskopet som brukes i laboratorier er sammensatt mikroskop. Disse mikroskopene bruker linser med forskjellige styrker for å forstørre gjenstandene. Sammensatte mikroskoper har vanligvis et okular, et sett med speil og objektivlinsen som fungerer sammen. Bilder er sett i to dimensjoner. Ved hjelp av et vedlegg til et mikroskopkamera kan observatøren lagre bilder for analyse på et senere tidspunkt.
Skannende elektronmikroskop
Skannelektronmikroskopet er i stand til å observere objekter med et 3D-bilde. Bilder har høy forstørrelse og høy oppløsning, men de vises i svart-hvitt. For å lage detaljerte bilder er et eksemplar belagt med gullpartikler. Elektroner spretter av gullbelegget for å produsere bildet. Denne typen mikroskop er nyttig for å vise veldig små objekter i fin detalj, og bilder lagres for å bli vist senere. Vanlige objekter som vises er detaljerte bilder av bakterier, virus og noen mobilkomponenter.
Overføringselektronmikroskop
Denne typen mikroskop bruker elektroner til å passere gjennom en prøve. To-dimensjonale bilder produseres ved å lage tynne skiver med høy oppløsning og høy forstørrelse. Overføringselektronmikroskoper er nyttige for å skaffe bilder gjennom prøvenes tykkelse, ikke bare overflaten. Siden de er dyre, er det mer sannsynlig at disse mikroskopene blir funnet på store forskningsfasiliteter og universiteter.
Stereoskop
Stereoskoper kan brukes til å vise objekter i tre dimensjoner. Forstørrelsen er ikke så sterk som i andre typer mikroskoper, men den lar deg se detaljer som ellers ikke ville blitt sett med det blotte øye. De kalles også "disseksjons" mikroskop, da de ofte brukes til å hjelpe til med disseksjon av små prøver.
Fluorescensmikroskop
Mikroskoper kan brukes til å se forskjellige aspekter av et utvalg ved å variere hvordan et bilde blir opprettet. Fluorescensmikroskop bruker spesifikke farger for å samhandle med fargestoffer. Etter hvert som fargestoffene blir opplyst, kan visse strukturer isoleres og ses med deres respektive fargestoffer. Denne typen mikroskop er nyttig for å observere spesifikke proteiner i en celle. Et kamera er vanligvis festet for å ta bilder fra mikroskopet.