Eukaryoter er alle slags organismer som har komplekse celler som inkluderer mitokondrier, kjerner og andre celledeler. De tre viktigste cellegruppene er sopp, planter og dyr. Mange sopper er bare relatert til planter på en overfladisk måte. De kan se ut som planter og har cellevegger som ligner på plantecellevegger, men det er et frenologitre som viser hvordan sopp kan være nærmere knyttet til dyr enn planter. Fordi dyr er nærmere sopp enn planter i evolusjonshistorien, kan man si at en sopp er nærmere "pårørende" til et menneske enn grønnsaker på en salatbar.
Protein
Proteinsekvensene til sopp er mer lik dyr enn planter. For eksempel ser cellulært slimformprotein mer ut som animalsk protein enn planteprotein. Lengden på ribosomene i sopp viser en aminosyre som ligner på muskler. Faktisk er det flere aminosyresekvenser som ligner på tunge kjedeproteiner hos pattedyr. En av disse aminosyrene er 81 prosent identisk med en human aminosyre.
Klorofyll
Plantecellulose er annerledes enn soppcellulose. Ved røntgen er plantecellulose mer krystallinsk enn soppcellulose. Både sopp og dyr inneholder ikke kloroblaster, noe som betyr at verken sopp eller dyr kan behandle fotosyntese. Klorofyll gjør planter grønne og gir planteernæring. I kontrast absorberer sopp næringsstoffer fra nedbrytende plantemateriale gjennom en enzymatisk prosess, og dyr inntar maten.
Kitin
Sopp og dyr inneholder begge et polysakkaridmolekyl kalt kitin som planter ikke deler. Kitin er et komplekst karbohydrat som brukes som en strukturell komponent. Sopp bruker kitin som det strukturelle elementet i celleveggene. Hos dyr er kitin inneholdt i eksoskelettet til insekter og i nebbene av bløtdyr. Kitin fungerer på samme måte som plantecellulose, men kitin er sterkere. Studier utført på sopppolysakkarider viste at tilsetning av alkaliholdig nitrogen ødela sopp og produserte eddiksyre. Disse kjemiske reaksjonene skjedde ikke i plante-polysakkarider.
Sopp er ikke alger
Alger er de enkleste og mest primitive plantene. I 1955, Dr. George W. Martin konkluderte med at sopp var avledet fra alger som hadde mistet klorofyll. Imidlertid vurderte Martins hypotese ikke at atmosfæriske forhold kunne ha vært annerledes da livet begynte enn det de var i 1955. Martin tok heller ikke hensyn til at nitrogenfikserende bakterier kunne ha eksistert selv før planter utviklet seg, som kunne ha blitt brukt som matkilde for soppene. I 1966 ble Dr. A.S. Sussman observerte at mens sopp så overfladisk ut som alger, var det aspekter av sopp, for eksempel cellekjerner og organisering, som ikke kunne forklares.
Steroler
Noen biologer har sitert at dyre- og soppsteroler er forskjellige, derfor kan sopp ikke være lik dyr. Dyr produserer kolesterol, mens sopp produserer ergosterol. Ved nærmere undersøkelse inneholder både sopp- og dyresteroler lanosterol, mens fytosteroler i grønne planter inneholder cykloartenol.
Sin egen kategori?
Kanskje stammer ikke sopp fra planter eller encellede dyr. Noen biologer har hevdet at sopp er fylogenetisk forskjellig fra alle andre eukaryoter. Sopp ser ut til å være unik i det faktum at de alene krever en oversettelsesforlengelsesfaktor kalt EF-3. Det er noen proteinaktiviteter som er essensielle for in vivo-oversettelsesforlengelse.