Forskere bruker flytcytometri for å skille mellom forskjellige typer celler eller mikroskopiske organismer. Det er et verktøy som brukes i mange applikasjoner som medisinsk diagnostikk eller rettsmedisinsk patologi. Mens denne eksperimentelle teknikken er ganske enkel å oppnå, produseres analysen av de komplekse dataene av strømningscytometeret er vanskeligere på grunn av flere eksperimentelle faktorer og / eller cytometer parametere. Som sådan er det rutinemessig at cytometriske data visualiseres og analyseres ved hjelp av sofistikerte profesjonelle programmer som CELLQuest eller FlowJo. Kjennskap til flowcytometriteknikker, maskiner og programvare er nødvendig for å forstå resultatene som produseres av disse eksperimenter.
Avklare målet med eksperimentet ved å spørre: "Hva ble spørsmålet eller hypotesen undersøkt?" Dette vil bli kreves for å justere råresultatene til riktig format og innstillinger for videre analyse ved bruk av statistisk cytometri programvare. Gjør de endringene som er nødvendige for å få dataene vist med relevante innstillinger (f.eks. Positive celler, negative porter, fluorescensintensitet, cellepopulasjoner osv.).
Finn porter. Celler kan grupperes eller bare observeres gruppert sammen på et tetthetsplott eller konturdiagram. Gruppene skilles ofte avhengig av identiteten. Hvis en gruppe flekker veldig intenst for en bestemt markør eller et antistoff, konkluderes det at medlemmene i den gruppen alle har identiteten til den spesifikke celletypen, som uttrykker den markøren. Det er vanlig å finne celler som er positive for mer enn en av disse markørene, og disse cellene er vanligvis et mellomprodukt og betegnet som "dobbeltpositivt."
Se på scattergraphs. Måten cellegruppene spredte seg i et spredningsdiagram er en indikasjon på størrelsen på cellene. Celler med veldig store eller høye spredninger er vanligvis store celler; de kan imidlertid være store bare fordi de inneholder en høy andel cytoplasma, eller de kan være høye fordi de har en veldig stor kjerne. Avhengig av biologien som undersøkes, vil dette selvfølgelig variere mye mellom eksperimentene.
Se på tall. Juster plottene for å vise forskjellige parametere på en akse (vanligvis X-aksen) mens du holder tellingen på Y-aksen. Dette indikerer andelen av utvalgspopulasjonen som er positiv for den aktuelle parameteren, som en peak vil normalt bli observert i en positivt farget prøve, som vil være fraværende fra den negative kontrollen prøve.
Se på histogrammer med flere parametere. Ved å justere X-aksen og Y-aksen til hver representerer en annen parameter som var undersøkt under eksperimentet, er det mulig å få en dypere forståelse av egenskapene av prøven. For eksempel, ved å sette X-aksen til rød fluorescens og Y-aksen til grønn fluorescens, kan kvadrater i port beregnes for prøve for å vise fire regioner i en kvadrant der celler er tilstede og farget for enten rød eller grønn fluorescens, begge farger eller ingen ved alle. Dette gjør at en heterogen prøve kan deles inn i komponentene og eventuelle overlappende enheter som kan visualiseres og kvantifiseres.
Referanser
- “Analyse av flowcytometurdata”; Susan Sharrow; 1991
- “Flowcytometri: instrumentering og dataanalyse”; Marvin Van Dila; 1985
- “Flowcytometri-protokoller”; Teresa og Robert Hawley; 2004
om forfatteren
Palmer Owyoung har en Master of Arts i internasjonal virksomhet fra University of California i San Diego og en Bachelor of Arts i sosiologi fra University of California i Santa Barbara og er utdannet molekylær biolog. Han har vært frilansskribent siden 2006. I tillegg til å skrive, er han en heltidsforhandler og internettmarkedsfører på heltid.
Fotokreditter
Polka Dot RF / Polka Dot / Getty Images