Den kanskje viktigste måten muggsporer skiller seg fra bakterielle endosporer, er at mugg klassifiseres som såkalte høyere sopp. Som sådan har de hva biologer kaller den eukaryote celletypen. Bakterielle endosporer derimot dannes fra bakterier som - som en gruppe - klassifiseres som den prokaryote celletypen. Forskjellen mellom den prokaryote cellen og den eukaryote cellen er grunnleggende i biologien. Enkelt sagt er bakteriecellen strukturelt mye enklere.
Den eukaryote cellen - som i muggsporer - er fylt med et kompleks av cellulære strukturer som kalles organeller. Organeller utfører alle slags cellefunksjoner, og en av de mest iøynefallende organellene er kjernen. Den eukaryote cellekjernen til muggsporer inneholder DNA som gjør at cellen kan fungere og reprodusere. Dette er i motsetning til bakterielle endosporer der DNA er mer eller mindre fritt i cellens cytoplasma.
Foruten kjernen inneholder den eukaryote muggsporecellen slike organeller som endoplasmatisk retikulum eller ER. ER er i hovedsak som en labyrint av brettede membraner der mange biokjemiske prosesser som er viktige for cellen, blir utført. I muggsporer er ER koblet til kjernekapslingen, en membran som omgir cellekjernen. I bakterielle endosporer mangler denne ordningen.
Bakterielle endosporer har praktisk talt ingen av nivået av cellulær raffinement som er tilstede i eukaryote muggsporer. Et annet skille mellom bakterielle endosporer og muggsporer - i tillegg til den grunnleggende forskjellen i celletype - er rollen de spiller i deres respektive organismers livshistorie. En bakteriell endospore er en resistent struktur som dannes i cellen til en bakterie. I motsetning til muggsporer er den bakterielle endosporen spesielt tilpasset for å motstå ugunstige miljøforhold. Et sentralt trekk ved bakterielle endosporer er en forbindelse som kalles dipikolinsyre. Denne forbindelsen, selv om den ikke er utbredt i muggsporer, er medvirkende til å formidle bakterieendospores motstand mot ugunstige miljøforhold.
Det er mange andre forskjeller mellom bakterielle endosporer og muggsporer. De fleste av dem har igjen å gjøre med det grunnleggende skillet mellom den eukaryote og den prokaryote cellen. Mange andre organeller, foruten de som allerede er beskrevet, er til stede i muggsporen, men fraværende i den bakterielle endosporen. Disse inkluderer en struktur kalt Golgi-apparatet og andre som den såkalte nucleolus. Nukleolus er en struktur i eukaryote cellers kjerne og er aktiv i proteinsyntese som er kritisk for cellefunksjon. Bakterielle endosporer utfører mange av de samme viktige livsfunksjonene som muggsporer, men de gjør det uten fordelene med sofistikerte organeller som er omtalt i muggsporen.