Ofte inneholder avløpsvann og avløp et forvirrende utvalg av bakterier og karbonbaserte eller organiske kjemikalier og forurensninger. Fjerning av bakterier og organiske forbindelser er en viktig del av avløpsrensingen, og ozon er en av kjemikaliene som ofte brukes til å gjøre jobben. Selv om det er mer effektivt enn klor til å ødelegge bakterier, har det noen viktige ulemper.
Løselighet og aktivitet
Hvis ozondosen er for lav, kan noen av bakteriene og spesielt de som kan danne cyster, overleve. Følgelig er høyere ozonkonsentrasjoner gunstige. Disse er imidlertid vanskelige å vedlikeholde fordi ozon er 12 ganger mindre oppløselig i vann enn klor, så de maksimale konsentrasjonene av desinfeksjonsmiddel du kan nå er mye lavere når du bruker ozon. Dessuten brytes ozon veldig raskt ned, og jo høyere temperatur eller pH, desto raskere forfaller den. Hvis vannet er rikt på organiske forbindelser eller suspenderte faste stoffer, kan mye ozon forbrukes gjennom reaksjoner med disse andre forurensningene, og etterlater en utilstrekkelig mengde tilgjengelig for å ødelegge bakterier. Derfor er ozon ikke et økonomisk alternativ for avløpsvann med svært store mengder suspendert fast stoff eller totale organiske forbindelser.
Reaktivitet
Ozons reaktivitet er det som gjør det til et så flott desinfeksjonsmiddel. Den samme styrken kommer imidlertid med noen medfølgende ulemper. Ozon kan reagere med mange metaller, inkludert de som brukes til å lede avløpsbehandlingsbeholdere, så operatører må bruke korrosjonsbestandige materialer som rustfritt stål, som gjør anleggskonstruksjon dyrere. Videre gjør ozons reaktivitet det til et giftig kjemikalie, så operatører må designe anlegg på en slik måte at arbeidstakere ikke kommer i kontakt med ozongass som rømmer fra vannet. Dette øker også utgiftene til behandling av ozonavløpsvann.
Kostnader
Ozon er mer utfordrende å produsere og levere enn klor. Vanligvis genererer anleggsoperatører ozon ved å kjøre en elektrisk strøm gjennom luft som går mellom to elektroder, en teknikk som kalles koronautladning. Cirka 85 prosent av energitilførselen til et koronautslippssystem er bortkastet i form av varme. Denne metoden er ekstremt energiintensiv og utstyret som kreves er mer komplisert enn kloreringssystemer, noe som betyr at ozonproduksjon vanligvis er dyrere enn alternativene.
Rester og Biprodukter
Når ozon reagerer med organiske forbindelser, skaper det en rekke biprodukter. Hvis vannet inneholder bromidioner, kan ozonbehandling danne bromerte forbindelser som bromat ion, som er et mulig kreftfremkallende menneske. Derfor må operatørene enten kontrollere pH eller unngå bruk av ozon hvis vannet er rikt på bromidsalter. Til slutt er ozon ulikt klor ved at det ikke er noe gjenværende eller gjenværende desinfeksjonsmiddel når prosessen er over; enhver ozon som ikke reagerer med forurensninger brytes helt ned. Dette gjør det vanskeligere for anleggsoperatører å holde oversikt over hvor godt desinfeksjon fungerer siden det ikke er noe restnivå av ozon i vannet som de kan overvåke.