Et naturlig våtmark er et komplekst økosystem. I likhet med andre økosystemer, enten land- eller vannbaserte, påvirker mange faktorer formen og funksjonen til våtmarkene. Både biotiske og abiotiske faktorer og prosesser er integrert i det naturlige våtmarksøkosystemet. Begrepet "biotisk" refererer til levende ting. Uttrykket "abiotisk" refererer til materialene, prosessene eller faktorene som ikke lever.
Vann
Vann i seg selv er kanskje den viktigste abiotiske faktoren i naturlige våtmarker. Selv om det er viktig for praktisk talt alle biologiske prosesser, er vannet ikke levende og det kan forekomme uavhengig av levende ting. I naturlige våtmarker er vann mediet der hele økosystemet eksisterer og fungerer. Våtmarker i regioner som tidligere har blitt isbre - i form av massive isark - kan skylde breen sin tidlige begynnelse. Så selv vann i den dramatisk forskjellige formen var en viktig faktor i utviklingen av våtmarkene.
Luft
I motsetning til vann består luft av mer enn en kjemisk forbindelse. Oksygen, nitrogen, karbondioksid og flere andre gassformige stoffer danner luftens kjemiske sammensetning. Luft, spesielt oksygenet i den, er en annen kritisk abiotisk faktor i naturlige våtmarker. Nesten ethvert våtmarksøkosystem har mange slags planter og dyr. Grønne planter bruker karbondioksid fra luften; i sin tur frigjør de oksygen som avfallsprodukt. Dyr gjør det omvendte; de tar inn og bruker oksygen og avgir karbondioksid som avfallsprodukt. Selv om det er organismer som kan og lever og vokser i fravær av oksygen, er det store flertallet av livsformer i et naturlig våtmark - både under vannet og over overflaten - krever oksygen fra luft.
Sollys
Lys fra solen er en viktig abiotisk faktor i naturlige våtmarker. Sollys gir energien som planter trenger for å utføre fotosyntese. Den samme energien overføres til andre organismer i våtmarken gjennom næringskjeden eller næringsnettet. Og temperatur er selvfølgelig en abiotisk faktor direkte knyttet til mengden energi våtmarken mottar fra solen.
Mineraler
Under vannet, på bunnen av et naturlig våtmark, er det sedimentære materialer av forskjellige slag. Mye av dette materialet er organisk eller biotisk og stammer fra nedbrytende rester av levende organismer i våtmarken. Men det er også en mineralsk komponent i dette sedimentære materialet. Mineralpartikler av forskjellige slag og størrelser blandes med det organiske materialet. Akkurat som i terrestriske økosystemer, må planter i det naturlige våtmarken skaffe seg abiotiske mineralnæringsstoffer for å leve og vokse. Og mineraler er ikke begrenset til bunnsedimentene; de kan oppløses direkte i vannet, hvor de danner en kompleks naturlig kjemisk blanding som har betydning for faktorer som pH, et mål på surheten i vannet.
Rocks
I tillegg til de relativt små partiklene av mineralsedimenter, er det ofte større bergarter av forskjellige størrelser og slag i våtmarker. Enten det er et massivt, kontinuerlig lag av berggrunn som ligger til grunn for våtmarken og danner grunnlaget, eller relativt mindre bergarter som er under vannet eller som stikker ut over overflaten, er bergarter en betydelig abiotisk faktor i mange våtmarker. Foruten å gi underlag for planter og dyr til å enten vokse på eller sitte på, bergarter naturlige forvitringsprosesser - gradvis brytes ned og gir mineral næringsstoffer til våtmarken økosystem.