Kvinnelige ekorn reproduserer ved parring og fødselen lever ung. De er i stand til å starte parringsprosessen i en alder av ett år. Den første paringssesongen begynner på sen vinter, vanligvis rundt slutten av februar. Sesongen kan vare til mai. Den andre paringssesongen skjer på slutten av våren og varer til sensommeren. De fleste ekornarter har to kull; en på slutten av våren og en på slutten av sommeren. Noen arter bærer bare litt en gang i året. Babyekornene kalles kattunger.
Kvinneekorn gir en sterk duft som mannekornet kan oppdage. Når det mannlige ekornet dufter hunnen, vil han jage henne i høye hastigheter gjennom trær. Han vil også slå barken på treet høyt med potene. Hvis mer enn en hann jager en kvinne, vil hannene ofte også prøve å jage av hverandre. Dette resulterer i fantastisk akrobatikk gjennom trærne. Hunnen vil velge den sterkeste hannen å pare seg med. Hun vil være i stand til å gjenkjenne ham fra den dagen og fremover, og vil gjøre vondt for aldri å parre seg med ham igjen. Etter parring går mannekornet for godt. Han har ikke noe med oppdragelsen av kattungene å gjøre.
Det gjennomsnittlige kullet til et ekorn består av to til fem kattunger. Drægtighetsperioden er rundt seks uker, selv om noen arter av ekorn har en svangerskapsperiode så kort som fire uker og andre så lange som åtte uker, for eksempel grå- og reveekornet.
Babyekorn, eller kattunger, er små ved fødselen. De veier rundt en unse og er omtrent en tomme lange. De er hårløse, uten tenner, og er nesten blinde de første en til to månedene av livet. Imidlertid vokser de raskt og blir vanligvis avvennet av ti ukers alder. Når de er fire måneder gamle, har de fleste babyekorn forlatt morens rede for godt.